Filozofia mechanistyczna postawiła sobie za cel sprowadzenie całej różnorodności zjawisk w świecie widzialnym do zderzeń cząstek materii. Ciężar, światło, przyciąganie i odpychanie magnesów, ruch mięśni, zjawiska atmosferyczne i działanie zmysłów objaśniane miały być ruchami jakichś cząstek. Często nowe rodzaje atomów podejrzanie przypominały wygnane z nauki arystotelesowskie jakości ukryte, np. różnica między „zdolnością usypiającą” a „atomami medycznymi” była niepokojąco mała.
Najbardziej konsekwentną próbą zbudowania nowego systemu wiedzy był kartezjanizm i Newton zetknął się z nim bardzo wcześnie. Z czasem jednak stopniowo, krok po kroku, odrzucał poszczególne składniki nauki Kartezjusza, nie wyłączając nawet jego geometrii. W istocie można by z niewielką przesadą przedstawić naukową karierę Newtona jako dzieje walki z wpływem Kartezjusza: od niezgody na koncepcję materii i światła w pierwszych notatnikach, przez krytykę pojęć przestrzeni i ruchu, aż po ostateczne obalenie teorii wirów w Principiach.
Zdaniem Newtona kartezjanizm był zbyt geometryczny, bezcielesny i abstrakcyjny, nie odzwierciedlał bogactwa zjawisk w przyrodzie, a ponadto zbyt pospiesznie sprowadzał wszystkie zjawiska do mechanicznego ruchu. Dla filozofii było to może korzystne, wprowadzało bowiem jasny i przejrzysty schemat, schemat ten jednak nie wyjaśniał aktywności i życia, które obserwujemy w świecie.
Filozofowie mechanistyczni musieli zawsze wprowadzać do swych teorii różne rodzaje niewidocznej materii subtelnej czy eteru, których działanie miało objaśniać obserwowane zjawiska. Często pojawiały się również opary i tchnienia – rozumiane jako rodzaj niewidzialnej, choć materialnej esencji ciał – zmaterializowana pozostałość dawnych duchowych mocy.
Już w manuskrypcie The Vegetation of Metals (Wegetacja metali), napisanym mniej więcej wtedy, co list do Astona (1669), Newton spekulował na temat subtelnego tchnienia, które jest „zasadą wszelkiej wegetacji”. Materia dostępna zmysłom jest skondensowanym eterem, jej aktywność zależy natomiast od części nie skondensowanej. Aktywne tchnienie jest może tym samym co „ciało światła, ponieważ obydwa posiadają cudowną zasadę czynną [active principle], obydwa są wiecznymi pracownikami”. Była to zatem próba udzielenia odpowiedzi, jak marmurowy posąg może być połączony z promieniem słońca.
Hipoteza z roku 1675 zawierała nie tylko rozważania i doświadczenia optyczne, lecz również śmiałe spekulacje na temat roli eteru w przyrodzie. Newton miał już co prawda dość sporów na temat światła, ale sądził, że hipoteza taka pomogłaby w zrozumieniu innych jego rozważań. Dlatego – jak pisał – „mając w zeszłym tygodniu trochę wolnego czasu” zdecydował się spisać swoje myśli. Zrobił to również dlatego, iż zauważył, że niektórzy „wielcy wirtuozi”, nie mogli go zrozumieć, gdy wypowiadał się abstrakcyjnie na temat kolorów i światła, a łatwiej było im pojąć dyskurs ilustrowany hipotezą. Przedstawił więc hipotezę tego rodzaju, uchylając się jednak z góry od wszelkich dyskusji na jej temat. Po wyczerpaniu zastrzeżeń i złośliwości (kierowanych pod adresem Hooke'a) Newton przystąpił do wyjaśnień.
Pierwszym założeniem było istnienie eteru „tej samej budowy co powietrze, lecz znacznie rzadszego, drobniejszego i bardziej elastycznego”. Istnienie takiego eteru potwierdzać miał rzekomy fakt doświadczalny, że drgania wahadła umieszczonego pod kloszem opróżnionym z powietrza zanikają niemal tak samo szybko jak w powietrzu – a zatem wahadło doświadcza oporu eteru.
Być może całe urządzenie przyrody jest niczym innym jak tylko rozmaitymi połączeniami pewnych eterycznych tchnień albo oparów zgęszczonych [...] w podobny sposób jak opary zgęszczają się w wodę albo wyziewy w grubsze substancje [...] i po zgęszczeniu ukształtowanych w różne formy; wpierw bezpośrednio dłonią Stwórcy, a potem przez władze natury, która z mocy rozkazu „rośnijcie i rozmnażajcie się” stała się dokładną naśladowczynią kopii danych jej przez protoplastę. W ten sposób wszystkie rzeczy mogły wziąć swój początek z eteru [50].
Za tym, iż „coś o naturze eteru” przenika do wnętrza ciał, świadczyć miało doświadczenie ze szkłem potartym kawałkiem materiału. Szkło takie na przemian przyciąga i odpycha kawałeczki papieru. Doświadczenie wzbudziło większe zainteresowanie członków Towarzystwa niż sama teoria światła i wkrótce po kilku nieudanych próbach zostało publicznie powtórzone. Pocieranie zdaniem Newtona powoduje rozrzedzanie eteru wewnątrz szkła (podobnie jak woda pod wpływem ciepła rozrzedza się w parę); eter zaś poruszając się unosi kawałeczki papieru w różne strony.
Podobnie ciążenie ciał ku Ziemi może być spowodowane ciągłą kondensacją pewnego rodzaju tchnienia eterycznego. Ziemia wchłania dużą ilość tego eterycznego tchnienia, które opadając z wielką prędkością na dół unosi ze sobą ciała. Wewnątrz Ziemi owa subtelna materia kondensuje się w większe cząstki i z powrotem wznosi się do góry jako powietrze – tak że tyle samo materii wznosi się, ile opada. Z dala od Ziemi cząstki powietrza znów się rozpadają, zamykając cykl przemian:
bo natura jest wiecznym pracownikiem tworzącym ciecze z ciał stałych i ciała stałe z cieczy, ciała nielotne z lotnych i lotne z nielotnych, miałkie z gruboziarnistych i gruboziarniste z miałkich; niektóre ciała wznoszą się i tworzą górne soki ziemskie, rzeki i atmosferę; i w konsekwencji inne opadają na ich miejsce. I jak Ziemia tak samo, być może, i Słońce wchłania obficie owo tchnienie, aby podtrzymać swe świecenie i powstrzymać planety od oddalania się od niego. A kto zechce, może także przypuszczać, że owo tchnienie dostarcza bądź unosi z sobą paliwo dla Słońca i materialną zasadę światła: i że te rozległe przestrzenie eteru pomiędzy nami a gwiazdami są dla dostatecznego zaopatrzenia w takie pożywienie Słońca oraz planet [50].
Eter odpowiedzialny był w Hipotezie również za wiele innych zjawisk, jak ogrzewanie ciał pod wpływem światła, gnicie i fermentacja. Bardzo wielka sprężystość eteru objaśniać miała mechanizm poruszania mięśniami. Problem należał do najtrudniejszych w filozofii mechanistycznej. Należało bowiem wyjaśnić, jak dusza może kierować za pośrednictwem nerwów mięśniami ciała.
Rozważania na temat eteru miały charakter swobodnych spekulacji, a nie ustalonych teorii. W liście do Boyle'a z 1679 r. Newton opisuje inny możliwy mechanizm grawitacji, który przyszedł mu do głowy podczas pisania listu. Na niecałe dziesięć lat przed Principiami Newton, podobnie jak i inni filozofowie mechanistyczni, wciąż spekulował na temat grawitacji. Niemal każdy z nich miał jakąś hipotezę na objaśnienie tak powszechnie znanego fenomenu. Mechanika leżąca u podstaw tych spekulacji była równie fantastyczna jak u Kartezjusza.
Manuskryptem, który rzuca nieco światła na ewolucję poglądów Newtona, jest De aere et aethere (O powietrzu i eterze), fragment rozpoczętej i nie dokończonej całości, napisany być może później niż list do Boyle'a. W części poświęconej powietrzu Newton rozważa zjawisko wzajemnego unikania się cząsteczek. Wiadomo było z eksperymentów Boyle'a, że ile razy zmniejszy się ciśnienie zewnętrzne, tyle razy wzrośnie objętość powietrza – zależność tę znamy dziś jako prawo Boyle'a-Mariotte'a.
Wśród rozmaitych wyjaśnień zachowania się powietrza Newton rozpatrywał również możliwość odpychania na odległość:
lecz jeśli dzięki jakiejś zasadzie działającej na odległość [cząsteczki] dążą do oddalania się od siebie nawzajem, rozum przekonuje nas, że gdy odległość między ich środkami podwoi się, siła odpychania zmaleje o połowę, gdy się potroi – siła zmniejszy się do jednej trzeciej i tak dalej [...] [48].
Takie siły odpychające mogłyby wyjaśnić tworzenie się różnych rodzajów cząsteczek powietrza i takie zjawiska, jak wybuch prochu armatniego. Eter byłby zaś wynikiem dalszego rozdrabniania cząsteczek powietrza na mniejsze, które łatwo już mogą przenikać różne materiały, np. szkło.
Wierzę, iż każdy, kto zobaczy opiłki żelazne ułożone w linie krzywe jak południki przez wyziewy krążące od bieguna do bieguna kamienia [magnesowego], przyzna, że te wyziewy magnetyczne są takiego rodzaju. Tak samo również przyciąganie szkła, bursztynu, gagatu, wosku, żywicy i podobnych substancji wydaje się spowodowane w taki sam sposób przez najsubtelniejszą materię tego rodzaju [...] [48].
W tym miejscu rękopis Newtona urywa się – na samym początku planowanego rozdziału o eterze. Być może niedługo później Newton przeprowadził doświadczenie, w którym usiłował wykryć wpływ oporu eteru na ruch wahadła. Doświadczenie to, zrelacjonowane później w Principiach, wykazało, że opór eteru jest niewykrywalny. Wynik ten zadał bardzo silny cios spekulacjom dotyczącym eteru.
Niewykrywalność eteru i matematycznie pojęte siły odpychania cząstek powietrza stanowią dla nas, znających już ciąg dalszy, zapowiedź matematycznej koncepcji Principiów. Rzeczywiście, twierdzenie o siłach odpychania odwrotnie proporcjonalnych do odległości między cząsteczkami powietrza miało z czasem znaleźć się w Principiach. Na razie stanowiło jeszcze jeden element wiedzy, która wciąż nie układała się w spójną całość.