Cokolwiek, w co można uwierzyć, jest obrazem prawdy.
W. Blake
Spekulacje Newtona na temat eteru nie były niczym osobliwym na tle ówczesnych teorii. W 1674 r. John Mayow, lekarz, zaledwie o dwa lata starszy od Newtona, ogłosił traktat przywodzący na myśl spekulacje z Hipotezy. Pisał w nim o pewnym tchnieniu saletrzano-powietrznym (spiritus nitro-aereus), które nadaje powietrzu sprężystość, podtrzymując również życie i spalanie.
Poglądy Mayowa były mechanistyczną repliką filozofii, którą wcześniej głosił Jan Baptista van Helmont. Van Helmont uważał wodę za materię podstawową, żeński pierwiastek, który musi zostać zapłodniony, aby mogła powstać jakakolwiek rzecz w naturze. Dla potwierdzenia tego poglądu przeprowadził słynne doświadczenie, w którym obserwował drzewko rosnące w odważonej ilości ziemi. Gdy drzewo urosło, zważył ponownie ziemię – okazało się, że nadal ważyła ona tyle co na początku. Wywnioskował stąd, że to woda używana do podlewania zamieniona została w stałą materię drzewa. Doświadczenie van Helmonta powtarzał Boyle i powoływał się na nie wielokrotnie jako przykład możliwych przemian materii, choć interpretował je zgodnie z filozofią mechanistyczną.
Kartezjusz oddzielając ducha od materii chciał poddać cały obszar materialnego świata jednolitym prawom swej mechaniki. Również zwierzęta i rośliny miały być rodzajem mechanizmów. Kartezjusz przeciwstawiał się w ten sposób długiej tradycji traktowania przyrody jako organizmu. W myśli tradycyjnej różnica między światem form organicznych a nieożywioną przyrodą była różnicą stopnia, bez ostrego rozgraniczenia. Trzy królestwa przyrody: zwierzęce, roślinne i mineralne, mimo różnic stanowiły jedną ożywioną całość. Oprócz duszy rozumnej, zmysłowej i wegetatywnej istniała również dusza kamieni. O jej istnieniu świadczyć miały takie zjawiska, jak krystalizacja. Również skamieliny traktowano jako przykłady rozumnego porządku wśród minerałów. Wierzono, że kamienie i metale rodzą się w trzewiach Ziemi z nasienia, podobnie jak zwierzęta i rośliny. Metale dążą do doskonałości, dojrzewają, tzn. przechodzą cykl przemian, którego ukoronowaniem jest powstanie złota – metalu najdoskonalszego. Istniała nawet teoria złotego drzewa, które z głębi Ziemi rozgałęziać się miało ku powierzchni. Jego najcieńsze gałązki odnajdujemy jako żyły metali w kopalniach, reszta ukryta jest zbyt głębko, abyśmy mogli tam dotrzeć.
Do tych tradycyjnych koncepcji odwoływała się alchemia, dziedzina wywodząca się jeszcze ze starożytności i rozwijana również w arabskim i łacińskim średniowieczu. Dzięki wynalazkowi druku liczba pism alchemicznych, dawnych i nowych, dostępnych w drugiej połowie wieku XVI i w wieku XVII niepomiernie wzrosła i alchemia znalazła się w tym okresie u szczytu swego powodzenia.
Alchemicy pragnęli naśladować naturę i w swej pracowni przyspieszyć procesy, które samorzutnie przebiegają we wnętrzu Ziemi. W doktrynie alchemicznej wszystkie metale utworzone są z tej samej materii podstawowej, ta pierwsza materia zwana była merkuriuszem filozoficznym. Aby go uzyskać, należy ze zwykłego merkuriuszu, tzn. rtęci, usunąć ciekłość, czyli jego „wodę”, należy również usunąć „powietrze” i tym samym zestalić go. Niektórzy autorzy utrzymywali ponadto, że trzeba go uwolnić również od elementu ziemi, który zawadza w osiągnięciu doskonałości. Merkuriusz filozofów był uniwersalnym rozpuszczalnikiem metali niezbędnym do przeprowadzenia transmutacji.
Drugim składnikiem metali odpowiedzialnym za twardość i stałość miała być siarka. Znów chodziło tu o siarkę alchemiczną, a nie pospolity minerał. Siarka przy odpowiednim połączeniu z merkuriuszem tworzyć miała złoto.
Alchemię uważano za sztukę doskonalenia materii. Celem jej operacji było złoto, ponieważ było materią najdoskonalszą i najszlachetniejszą. Było więc godne zainteresowania nie dlatego, że było najcenniejsze, lecz, przeciwnie, było najcenniejsze właśnie dlatego, że było najdoskonalsze. Większość alchemików odrzucała (przynajmniej werbalnie) pragnienie zysku i można im o tyle wierzyć, że utrzymanie pracowni alchemicznej było przedsięwzięciem kosztownym zarówno ze względu na rzadkie substancje potrzebne w pracy, jak i na konieczność zatrudniania pomocników do trwających dzień i noc eksperymentów.
Przeświadczenie o doskonałości złota wiązało się z jego niezwykłymi właściwościami: ciężarem, pięknym kolorem i obojętnością chemiczną, która sprawia, że złoto nie zmienia się pod wpływem żadnych czynników chemicznych. Złoto było materią niezmienną, a właśnie niezmienność, niepodleganie prawom czasu, uważano za wyróżnik doskonałości. Doskonały, czyli właśnie niezmienny, zamknięty w cyklicznym ruchu, miał być arystotelesowski Wszechświat. Ciała niebieskie miały składać się z materii nie podlegającej zmianom, różnej od czterech elementów znanych na Ziemi. Ów piąty element – quinta essencia – był często przedmiotem spekulacji alchemicznych.
Wraz z upadkiem kosmologii Arystotelesa zmieniać zaczął się pogląd na doskonałość substancji. W Dialogu o dwu najważniejszych układach świata Galileusz wyraża opinię, iż to pragnienie osobistej nieśmiertelności każe upatrywać doskonałości w diamentach czy złocie. Są one cenne jedynie dlatego, że są rzadkie. Mniemanie o doskonałości złota miało jednak pewne uzasadnienie również w mechanistycznej filozofii – złoto jako najcięższy metal byłoby substancją zawierającą najmniej porów między cząstkami, i z tego powodu wyjątkową.
Nazwy i alchemiczne symbole siedmiu znanych metali były jednocześnie nazwami i symbolami siedmiu planet (siódemka była liczbą magiczną) oraz bogów. Mitologiczna wiedza o bogach była jednym ze źródeł alchemicznych alegorii. Bóg Merkury, od którego wywodziła się inna nazwa rtęci, był najbardziej ruchliwym z bogów olimpijskich pośrednikiem i wysłannikiem Zeusa. Złoto kojarzone było ze Słońcem, srebro z Księżycem (Dianą, Luną, tradycyjnym wodnym bóstwem żeńskim), miedź z Wenus, żelazo z Marsem, cyna z Jowiszem, a ołów z Saturnem. Szczególną rolę odgrywała w alchemicznych rozważaniach para: męskie Słońce, czyli złoto, oraz żeński (w większości języków) Księżyc, czyli srebro – dwa ciała niebieskie o widocznej i mniej więcej jednakowej tarczy. Michael Maier przedstawia ich wzajemny związek następująco: „Słońcu potrzeba Księżyca jak kogutowi kury”. Połączenie Słońca i Księżyca miało dać w wyniku hermafrodytę – tradycyjny symbol metafizycznej pełni – noszący w alchemii nazwę Rebis.
Również symbolika chrześcijańska wniosła swój wkład do alchemii. Autorzy alchemiczni stosowali do materii takie terminy, jak chrzest, małżeństwo, śmierć i zmartwychwstanie. Proces doskonalenia materii, Wielkie Dzieło, opisywany był jako rytuał inicjacyjny, znany z wielu religii. Materia przez cierpienia, a następnie chaos, czyli symboliczną śmierć, miała przechodzić do doskonałości.
Alchemia była poprzedniczką chemii w zakresie praktyki laboratoryjnej, nadawała jej jednak zupełnie odmienny sens. George Ripley, kanonik z Bridlington w Yorkshire, w 1471 r. opisał procesy stosowane w alchemii. Była wśród nich „kalcynacja”, która trwać miała rok albo i dłużej i w której ziemia miała być przekształcona w wodę, ta w powietrze, powietrze w ogień, a ogień z powrotem w ziemię. Wynikiem tego procesu był „dziób kruka” albo „popiół z drzewa Hermesa”. Innymi procesami były: rozpuszczanie, separacja, koniunkcja, czyli połączenie (w którym „kobiecy” merkuriusz miał być połączony z „męską” siarką, po czym miał leżeć przez pięć miesięcy), gnicie, fermentacja oraz pomnożenie, czyli multiplikacja. Pomnożenie mogło dokonać się w barwie, zapachu, mocy i również w ilości substancji. Stadium końcowym miała być projekcja, czyli transmutacja metali – należało rzucić uzyskaną „medycynę”, czyli kamień na powierzchnię roztopionego metalu. Uważano, że jeżeli nawet operacje podnoszenia godności substancji nie osiągnęły stadium końcowego, to i tak uzyskany produkt nadaje się na lekarstwo.
Odczytywanie pism alchemicznych przypominało łamanie szyfrów. Podejście takie nie było zresztą ograniczone tylko do alchemii. Wierzono powszechnie, iż starożytni mędrcy znali tajemnice natury, które przekazali w formie zrozumiałej wyłącznie dla wtajemniczonych. W ten sposób Mojżesz był uważany za teologa i filozofa, a Hermes Trismegistos, „potrójnie wielki” – kapłan, król i mędrzec – za założyciela alchemii i nauk „hermetycznych”. W okresie renesansu obok klasyków greckich i rzymskich odkryto również pisma poświęcone ezoterycznym naukom starożytności. Obok Platona i Plotyna tłumaczono pisma hermetyczne. Uzgadniając owe odkrycia z tradycją chrześcijańską powoływano się na jedną wspólną doktrynę prisca sapientia – odwiecznej mądrości. Miała ona być znana prorokom i dawnym filozofom oraz przekazywana wybranym z pokolenia na pokolenie, a publicznie jedynie w sposób zawoalowany, za pomocą alegorii i symboli.
Jak pisał bowiem Elias Ashmole w Theatrum chemicum Brittanicum, wielkim zbiorze tekstów alchemicznych czytanym przez Newtona:
Przeszłe wieki jak rzeki przyniosły do nas na fali lżejsze i sofistyczne cząstki wiedzy; lecz te, które były głębokie i tajemnicze – [stanowiąc] ciężar ich i solidność – opadły na dno […] [60].
Wielu autorów wsparcia swoich poglądów szukało u starożytnych. Dla Henry’ego More'a argumenty za preegzystencją duszy były trojakiego rodzaju: rozumowe, na podstawie Pisma oraz świadectwa najstarszych filozofów. Charleton argumentuje według tego samego potrójnego schematu na rzecz jedyności naszego świata, a przeciw wielości światów. Argumentacja ta w części odnoszącej się do starożytnych przybiera postać plebiscytu: większość sławnych autorytetów opowiada się przeciw wielości światów.
Wiara w autorytet starożytnych skłaniała do poszukiwania klucza nie tylko do pism alchemicznych, lecz również do klasycznych mitów starożytnych, przedstawionych np. przez Owidiusza w Metamorfozach. Johann Rudolph Glauber, odkrywca tzw. soli glauberskiej, zinterpretował w sposób alchemiczny mit o wyprawie po złote runo. Po długiej i niebezpiecznej żegludze Argonauci dotarli do Kolchidy, gdzie dzięki pomocy biegłej w sztuce magicznej Medei Jazonowi udało się ujarzmić byki o spiżowych racicach i zasiać zęby smoka.
Jazon w tej pomysłowej przypowieści przedstawia filozofów; Medea – staranne rozważania; mozolna i niebezpieczna żegluga oznacza rozmaite prace chemiczne, pilnujący smok ziejący ogniem oznacza łupek, saletrę i siarkę; a złote runo jest tynkturą albo duszą siarki, za pomocą której Jazon przywrócił zdrowie swemu wiekowemu ojcu i zyskał dla siebie ogromne bogactwa. [...]Stąd dostatecznie jasne jest, jak niezrozumiale starożytni filozofowie opisywali zestalenie siarki przez saletrę i jak przemyślnie ukryli je przed wzrokiem niegodnych [10].
Sir William Petty z kolei starał się z tego mitu o Jazonie i Medei odczytać wiadomości na temat transfuzji krwi. Filozofia mechanistyczna traktowana była często jako powrót do prawdziwej doktryny starożytnych atomistów po wiekach błądzenia. Mimo odmiennego języka filozofia ta dość łatwo dawała się pogodzić z tradycją alchemii. Skoro bowiem materia jest jakościowo taka sama we wszystkich ciałach, a widoczne przemiany ciał tłumaczyć należy zmianą ruchu oraz ułożenia cząstek, to łatwo było uwierzyć, że możliwa jest przemiana jednego metalu w drugi. Dlatego ostrożny i sceptyczny Robert Boyle, który tak mocno krytykował jałowe spekulacje, sam zajmował się eksperymentami alchemicznymi. W wydanym w 1666 r. dziele The Origine of Formes and Qualities According to the Corpuscular Philosophy (Pochodzenie form i jakości według filozofii korpuskularnej) przedstawia nawet dwa doświadczenia, w których zachodzi transmutacja. Jedno z nich dotyczyło przemiany wody w ziemię w wyniku kolejnych destylacji i cytowane było przez wiele dziesiątków lat przez Newtona. Możliwości zachodzenia transmutacji nie odrzucał początkowo również Hermann Boerhaave, uważany za pierwszego przedstawiciela racjonalnej chemii. Wszelako prowadzone przez niego już w XVIII w. wieloletnie doświadczenia nad transmutacją skończyły się niepowodzeniem.