Ogłoszenie Principiów było punktem zwrotnym w życiu Newtona. Do tej pory był wybitną postacią prowincjonalnego Cambridge, żył w niemal zupełnej izolacji, skupiony na swoich eksperymentach i dociekaniach. Teraz w ciągu paru lat stał się jednym z najsławniejszych uczonych Europy i, co miało jeszcze większe znaczenie praktyczne, najsławniejszym uczonym Anglii, postacią ucieleśniającą narodową dumę wyspiarzy.
Udział Newtona w życiu publicznym zaczął się dość niespodziewanie jeszcze w 1687 r., w chwili, gdy kończył pisać III księgę Principiów. Dwa lata wcześniej tron angielski objął Jakub II, jawny katolik, sympatyzujący z Ludwikiem XIV. Było to w czasie, gdy Ludwik coraz zacieklej prześladował protestantów, odwołując edykt nantejski i wymuszając ogromną falę emigracji z Francji. Jedną z ofiar tej polityki stał się również Christiaan Huygens od niemal dwudziestu lat mieszkający w Paryżu.
Objęcie tronu przez katolika groziło naruszeniem fundamentów państwa. Od 1673 r. obowiązywała w Anglii ustawa, tzw. Test Act, wymagająca od każdego urzędnika deklaracji lojalności wobec Kościoła anglikańskiego oraz potępienia dogmatu o transsubstancjacji, co automatycznie wykluczało katolików z urzędów publicznych. Jedną z ofiar tej ustawy był ówczesny książe Yorku, brat królewski, Jakub. Po objęciu tronu Jakub zaczął wbrew prawu i odczuciom większości społeczeństwa obsadzać rozmaite stanowiska katolikami. Jedną z takich właśnie nominacji miało być mianowanie magistrem sztuk w Cambridge benedyktyna Albana Francisa na podstawie królewskiego mandatu.
Sam fakt nadania tytułu akademickiego na podstawie królewskiego mandatu (zamiast przepisanych egzaminów) nie budził wątpliwości, postępowano tak niejednokrotnie w przeszłości, chodziło jednak zawsze o tytuły nadawane honorowo osobom, które nie zamierzały brać udziału w życiu akademickim. Sprawa Francisa miała jednak wszelkie cechy precedensu i zachodziła obawa, że jest to początek wprowadzania katolików na uniwersytety – tradycyjną ostoję Kościoła anglikańskiego.
Zachował się list Newtona, skierowany najwyraźniej do kogoś spośród władz uniwersytetu, argumentujący przeciwko poddaniu się woli króla. Pretekstem prawnym była konieczność złożenia przysięgi na wierność Kościołowi Anglii. Newton dowodził, że „jeśli Jego Wysokości doradzono, aby żądać czegoś, co nie może być uczynione zgodnie z prawem, to nikt nie może ucierpieć za niespełnienie tego [żądania]”. Racja prawna miała być więc przeciwstawiona woli króla. Jakub nie pozostawił zresztą wątpliwości co do swojego stanowiska i gdy senat doradził rektorowi (vice chancellor), że dopuszczenie ojca Francisa byłoby „nielegalne i niebezpieczne”, ponowił mandat podkreślając z naciskiem, że uniwersytet będzie musiał wziąć na siebie ryzyko ewentualnej odmowy.
Cambridge nie było miejscem gromadzącym życiowych nonkonformistów, a jawne nieposłuszeństwo wobec króla groziło co najmniej utratą przywileju wygodnego życia. Dopuszczenie zaś katolików na uniwersytet musiałoby dla większości jego członków oznaczać na dłuższą metę albo rezygnację ze stanowiska, albo poddanie się znienawidzonej władzy. W gorączkowych naradach nad wyborem najlepszego rozwiązania istotną rolę odegrał Izaak Newton, który jako jeden z dwóch przedstawicieli non-regent house (grupującego magistrów o dłuższym stażu) miał doradzić rektorowi odmowę.
W konsekwencji swej bezkompromisowej postawy rektor i przedstawiciele uczelni zostali wezwani przed komisję kościelną (Ecclesiastical Commission), która była administracyjnym narzędziem poddania Kościoła anglikańskiego Jakubowi II. Wśród ośmiu przedstawicieli uniwersytetu wybranych do tej zaszczytnej i niebezpiecznej misji znalazł się również Izaak Newton. W kwietniu 1687 r. rozpoczęły się przesłuchania. Komisji przewodniczył lord Jeffreys osławiony tzw. krwawymi sądami nad zwolennikami księcia Monmoutha, przywódcy nieudanego buntu przeciw Jakubowi, zakończonego bitwą pod Sedgemoor. Sądy kierowane przez Jeffreysa skazały wtedy kilkaset osób na kary śmierci lub zesłanie jako niewolników do kolonii. Jeffreys oskarżył rektora uniwersytetu Peachella o nieposłuszeństwo i usunął go ze wszystkich urzędów. Pozostali delegaci próbowali przedstawiać swoją argumentację (w której przygotowaniu uczestniczył Newton), lecz Jeffreys nie zamierzał dyskutować na tematy prawne. Uznał też, że przykładne ukaranie Peachella wystarczy, aby zastraszyć pozostałych, udał, że wierzy, iż byli oni pod złym wpływem swego rektora i wspaniałomyślnie puścił ich z powrotem. W efekcie jednak ojciec Francis nie został magistrem uniwersytetu w Cambridge. Sam Newton opowiadał potem Conduittowi, że to jego zdecydowana postawa zapobiegła przyjęciu kompromisu w sprawie Francisa. Pewne jest, że odwaga cywilna Newtona przyniosła mu popularność na uniwersytecie, jakiej nie mogłyby mu zapewnić same Principia.
Sytuacja zmieniała się jednak szybko. Principia ukazały się latem 1687 r. i Halley zaprezentował je listownie Jakubowi, który, zdaje się, nie zwrócił uwagi na traktat krnąbrnego poddanego. Pod koniec następnego 1688 r. w Torbay na wybrzeżu Anglii wylądowała armia Wilhelma III Orańskiego i pozbawiony poparcia Jakub musiał uciekać, a jego lord kanclerz Jeffreys, przyłapany podczas próby ucieczki i osadzony w Tower, zmarł nie doczekawszy się procesu. W styczniu 1689 r. Izaak Newton został jednym z dwóch delegatów uniwersytetu do parlamentu, który zadecydować miał o dalszych losach kraju. Ucieczkę Jakuba uznano za abdykację, a tron zaoferowano Wilhelmowi i jego żonie Marii. Musieli oni jednak zaakceptować Deklarację Praw (Bill of Rights), która ograniczała władzę króla na rzecz parlamentu. W ten sposób dopełniła się „Wspaniała Rewolucja” – Glorious Revolution – uważana za początek państwa angielskiego w jego dzisiejszym kształcie.
Aż do rozwiązania parlamentu na początku 1690 r. Newton pozostawał jego sumiennym, choć zupełnie niewidocznym posłem. Według anegdoty jedyne jego wystąpienie podczas obrad było prośbą o zamknięcie okna, z którego wiało. Nie należy sobie jednak wyobrażać, że Newton był roztargnionym profesorem, nie mającym pojęcia o polityce i nie rozumiejącym wydarzeń. Najprawdopodobniej pojmował swoją rolę jako służenie przede wszystkim uczelni i szerzej sprawie pogrążenia papizmu oraz zaprowadzeniu rządów prawa. Zwycięstwo rewolucji było tryumfem publicznym, następującym wkrótce po jego tryumfie prywatnym jako autora Principiów. Rok 1689 był rokiem euforii. Newton stawał się osobą publiczną – z tego roku pochodzi pierwszy jego portret pędzla sir Godfreya Knellera.
Izaak Newton występuje na nim bez peruki, we własnych długich, wcześnie posiwiałych włosach. Ubrany jest w luźny strój, spod którego widać jedynie rozpiętą pod szyją koszulę. Portret koncentruje się na podłużnej twarzy z wydatnym nosem i wąskimi ustami, w których kąciku pojawiły się zmarszczki, znamionujące raczej siłę niż zapowiedź starości. Wypukłe duże oczy patrzą uważnie i śmiało. Człowiek przedstawiony na portrecie mógłby zapewne być równie dobrze przedsiębiorczym kupcem na morzach wschodnich jak autorem Principiów, który nigdy nie podróżował. Z fałdów rękawa widać mocne i długie palce prawej ręki. Umowny strój podkreśla jeszcze silną indywidualność modela – wydaje się, że każdy strój jest dla tego człowieka jedynie zewnętrznym przebraniem, rodzajem kostiumu, nie mającego wiele wspólnego z jego istotnym charakterem.
Rok 1689 to nie tylko rok parlamentu, lecz również rok zetknięcia się z najbardziej wpływowymi ludźmi w państwie, rok rosnącej sławy wielkiego uczonego. Znajomości z Newtonem szukali ludzie, tacy jak John Locke czy Christiaan Huygens. Huygens, którego brat Constatijn wylądował w Anglii u boku Wilhelma Orańskiego odwiedził Anglię latem tego roku. W Towarzystwie Królewskim, dość nieoczekiwanie, Huygens mówił o przyczynach ciężkości i swej teorii światła, Newton zaś o badanej przez Huygensa dwójłomności.
Pojawili się również młodzi admiratorzy Principiów, tacy jak David Gregory (bratanek zmarłego Jamesa Gregory'ego) ze Szkocji czy hugenot Abraham de Moivre, który utrzymywał się z udzielania lekcji matematyki i aby nie tracić czasu jeździł po Londynie z kolejnymi kartkami wyrywanymi z Principiów, tak że każdą wolną chwilę mógł poświęcić na ich zgłębianie.
Pomyślano również o nagrodzie za wcześniejszą postawę polityczną Newtona. W sierpniu tego roku delegacja złożona z Hampdena, parlamentarnego przywódcy wigów, Christiaana Huygensa (jego brat był sekretarzem króla) i Newtona udała się do króla w sprawie przyznania Newtonowi stanowiska przełożonego (provosta) King's College w Cambridge. Mimo przychylności króla nominacja nie doszła do skutku w wyniku oporu członków kolegium, którzy żądali przestrzegania statutów: przełożony powinien mieć święcenia kapłańskie oraz być członkiem kolegium. Mandat królewski w tej sytuacji przypominałby mocno sprawę ojca Francisa, aczkolwiek w rękopisach Newtona znajduje się wywód, iż królowi wolno zmieniać statuty King's College lub zezwalać jego władzom na wybór osób nie spełniających statutowych wymagań. Sztukę kazuistycznej argumentacji Newton opanował już wiele lat wcześniej w studiach nad historią Kościoła.
Stosunki z Christiaanem Huygensem podczas jego wizyty były pełne obustronnej kurtuazji i niewątpliwego szacunku, lecz obaj uczeni pozostali sobie dalecy i nie nawiązali korespondencji. Inaczej przedstawiała się sprawa z Johnem Lockiem. Locke jeszcze przebywając na wygnaniu w Holandii zetknął się z Principiami i po upewnieniu się u Huygensa, że matematyka dzieła jest bez zarzutu, włożył sporo wysiłku, aby zrozumieć jego wywody, zdając sobie sprawę, że ma do czynienia z książką epokową. Dał temu wyraz w przedmowie do Rozważań dotyczących rozumu ludzkiego, gdzie przedstawił skromnie swoją rolę jako pomocniczego pracownika, który w wieku „niezrównanego pana Newtona” zajmuje się oczyszczaniem gruntu i usunięciem śmieci, które leżą na drodze do poznania. Locke miał stać się sławny dzięki książkom filozoficznym, był jednak również lekarzem i alchemikiem, interesował się teologią. Zainteresowania te ułatwiły zbliżenie do Newtona. Okazało się zresztą, że obaj mają krytyczny pogląd na dogmat o Trójcy Świętej. Sam fakt, że mogli odsłonić wzajemnie tego rodzaju przekonania świadczy o dużym zaufaniu, jakim wcześniej Newton nie obdarzył bodaj nikogo.
Parlament, do którego Newton posłował, podjął również kwestie religijne, niemożliwe wtedy do oddzielenia od spraw państwowych. Jednym z punktów deklaracji praw było niedopuszczenie katolików do tronu Anglii. Spośród projektów zwiększenia swobody religijnej przeszedł tylko jeden zezwalający dysydentom na swobodę kultu, choć nadal obowiązywał Test Act, zabraniający im służby publicznej. Nawet jednak ta częściowa liberalizacja prawa nie obejmowała katolików oraz arian. Poglądy religijne Newtona wciąż pozostawały wywrotowe. Ponieważ nie zamierzał być przywódcą sekty, nie pozostawało mu nic innego jak staranne ukrywanie swoich nieortodoksyjnych poglądów.
Przyjaźń z Lockiem była również zetknięciem Newtona z ludźmi światowymi i wpływowymi – światem, jakiego nie widział w Cambridge. Newton dbał teraz o przestrzeganie form, zapragnął się podobać, zostać przyjętym do lepszej sfery. Po raz pierwszy w jego listach pojawiły się zwroty świadczące o przyjemności płynącej z kontaktu z innymi: „nie mogłem się powstrzymać od wysłania do pana tego listu, po to jedynie, aby dać panu znać, jak nadzwyczajnie ucieszyłem się wiadomością od niego”. W styczniu 1691 r. Newton odwiedził Locke'a w Oates, w Essex, gdzie Locke mieszkał w posiadłości sir Francisa Mashama. Jego żona lady Damaris Masham była córką platonika z Cambridge Ralpha Cudwortha i sama pisała na tematy teologiczne. Newtonowi nie przeszkadzało, że w stosunkach łączących lady Masham i mieszkającego w Oates przez wiele lat Locke'a domyślano się czegoś więcej niż tylko wzajemnej sympatii. Nowi przyjaciele oznaczali również możliwość wymiany poglądów, rozmów, których pozbawiony był w Cambridge. Trwały nadal starania o stanowisko, które zapewniłoby mu wyższy status społeczny. Newton zabiegał, czy też może pozwalał innym zabiegać o posadę dla siebie. Wszystkie te wątki łączą się w listach do Locke'a. Milkliwy profesor przyjmuje ton światowca:
Zobowiązał mnie pan tą wzmianką o mnie przed moimi przyjaciółmi w Londynie i muszę podziękować zarówno panu, jak i lady Masham za wasze uprzejmości w Oates oraz za to, że nie uważaliście mego tam pobytu za długi [43].
Dalej następują uwagi, nawiązujące zapewne do niedawnych rozmów, iż Syn Człowieczy z księgi Daniela, jeździec na białym koniu, oraz dziecko, które będzie rządzić żelazną laską (z Apokalipsy św. Jana) są tym samym.
Mam nadzieję, że znów się spotkamy w odpowiednim czasie i wówczas miło mi będzie poznać pański sąd na temat niektórych z moich mistycznych fantazji [43].
Po czym prosi o przekazanie pozdrowień dla kilku wspólnych znajomych. W listach z tego okresu Newton rozważa wady i zalety różnych ewentualnych posad, stara się też sumiennie spełniać życzenia przyjaciela. Przesyła mu na przykład szczegółowy opis swoich doznań po wpatrywaniu się w słońce, którego oślepiający obraz zjawiał się później na samą myśl o nim:
teraz już od wielu lat czuję się bardzo dobrze, lecz skłonny jestem sądzić, że gdybym odważył się narazić oczy, wciąż potrafiłbym przywołać fantom [słońca] siłą wyobraźni [43].
Poczucie siły i pewność siebie Newtona idą tak daleko, że decyduje się za pośrednictwem Locke'a ogłosić anonimowo w Holandii pracę o trynitarnych skażeniach tekstu Pisma świętego. Były one, jak sądził, świadomymi fałszerstwami wprowadzonymi przez świętego Hieronima. Jako An historical account of two notable corruptions of Scripture, in a Letter to a Friend (Historyczna relacja o dwóch godnych uwagi przeinaczeniach tekstu Pisma świętego w liście do przyjaciela) praca ta została przesłana do Jeana Le Clerca z seminarium remonstrantów w Amsterdamie, który miał ją opublikować. Locke podczas swego pobytu w Holandii współpracował z wydawaną przez Le Clerca „Bibliotheque universelle”, gdzie recenzował m.in. Principia. W ostatniej chwili Newton zrezygnował jednak z projektu. Ostrożność była uzasadniona, Le Clerc wiedział bowiem, kto jest autorem pracy. Gdy w wiele lat po śmierci Newtona odnaleziono ją w bibliotece seminarium i wydano, nie było wątpliwości co do autorstwa. Nie mogło też być wątpliwości co do rzeczywistej wymowy listu poświęconego rzekomo tylko krytycznej analizie różnych wersji tekstu.
Mimo oznak otwarcia, Newton nie pozbył się jednak nieufności do ludzi, która czasem była ostrożną roztropnością, a czasem przybierała formę nieuzasadnionej podejrzliwości na granicy manii. Locke, który potrafił przyjaźnić się z ludźmi i umiał być na tyle taktowny, aby podtrzymać przyjaźń z Newtonem przez wiele lat, napisał o nim kiedyś, że „jest on człowiekiem wymagającym w kontaktach i nieco zbyt skłonnym do wzbudzania w sobie podejrzeń, gdy nie ma podstaw”.
Przyjaźń z Lockiem była przyjaźnią dwóch ukształtowanych, dojrzałych ludzi o ustalonej i wysokiej pozycji w swoich dziedzinach, co sprawiało, że możliwości zbliżenia były ograniczone, nawet gdy nie mogło być mowy o bezpośredniej rywalizacji.
Inaczej przedstawiała się sprawa, jeśli chodzi o Nicolasa Fatio de Duilliera, młodego, dobrze urodzonego Szwajcara, świetnie zapowiadającego się jako talent matematyczny, ale zajmującego się również alchemią i interpretacją Pisma – być może za przykładem Newtona. Fatio przed przybyciem do Anglii zdążył objechać całą uczoną Europę, zawierając znajomości z braćmi Bernoulli, markizem de L'Hôpital, Leibnizem i Huygensem i wszędzie wywierając dobre wrażenie. Dzięki listom polecającym w ciągu dwóch tygodni został członkiem Towarzystwa Królewskiego i bardzo szybko stał się przyjacielem i powiernikiem Newtona.
W październiku 1689 r. Newton wyraźnie cieszył się na spotkanie z Fatio:
zamierzam być w Londynie w przyszłym tygodniu i bardzo bym się cieszył będąc na tej samej kwaterze z tobą. Moje książki i twoje listy przywiozę ze sobą [43].
Fatio, który poprawił jedno z twierdzeń Newtona dotyczące szybkości wypływu wody z otworu w zbiorniku, wkrótce zaczął się uważać za jego naukowego partnera i swego rodzaju przedstawiciela. Informował Huygensa o planach i poglądach Newtona, a nawet zapewniał, że Newton gotów jest przyjąć krytyczne uwagi na temat Principiów ! Fatio chciał również przygotować drugie, znacznie poprawione wydanie Principiów, w którym znalazłoby się jego własne mechaniczne objaśnienie grawitacji. Jeśli wierzyć D. Gregory'emu (który sam również marzył o przygotowaniu wydania Principiów), Newton i Halley śmiali się z hipotezy Fatio. Pozostaje niezbitym faktem, że Newton nie zamierzał psuć swego dzieła nieprzemyślanymi poprawkami i musiał szybko zorientować się, że Fatio nie jest kandydatem na jego następcę i kontynuatora.
Newton lubił patronować młodym uczonym, a oni coraz częściej szukali u niego nie tylko wiedzy, ale i poparcia w uzyskiwaniu posad. Wszelako przyjaźń okazywana Fatio wykraczała poza zwyczajny stosunek mistrza do ucznia. Newton był wyraźnie zafascynowany młodym człowiekiem, nie potrafił jednak i nie chciał przyznać się do tej fascynacji. Choć bardzo przejął się chorobą Fatio, którą tamten z dramatyczną przesadą i bogactwem fizjologicznych detali opisał jako śmiertelną, nie potrafił mu zaoferować niczego oprócz modlitw i pomocy finansowej. Fatio w przeczuciu rychłej śmierci pragnął, aby starszy brat mógł zająć jego miejsce w przyjaźni Newtona i obaj sporo atramentu poświęcili osobie owego starszego brata, którego Newton z góry obiecał darzyć przyjaźnią. Gdy choroba szczęśliwie minęła, Newton zaprosił Fatio do zamieszkania w Cambridge i proponował mu nawet utrzymanie. Fatio zaczął się wtedy wahać, zasłaniać potrzebą wyjazdu do Szwajcarii i dopilnowania na miejscu swego niedawno odziedziczonego niewielkiego majątku. Snuł też plany produkcji alchemicznego lekarstwa, które aplikowane najpierw za darmo celem wykazania skuteczności, miało po kilku latach przynieść ogromne dochody. Jak we wszystkich projektach tego typu jedyną trudnością był brak pieniędzy na okres owych kilku lat, Newton nie wykazał jednak chęci finansowania całego przedsięwzięcia.
Nie wiadomo dokładnie, w jaki sposób stosunki z Fatio dość nagle się ochłodziły i nigdy już nie powróciły do stanu poprzedniej zażyłości, mimo że Fatio pojawiał się przez wiele lat na marginesach życia Newtona. Fatio nie został wybitnym uczonym. Choć mówiono o nim, że zna przeszło pięćdziesiąt języków, to żadna z jego nielicznych prac naukowych nie okazała się godna wielkich ambicji, jakie okazywał w stosunkach z Newtonem czy Huygensem. Starał się przekonać innych do swojej hipotezy grawitacyjnej twierdząc, iż popiera ją Newton, w późniejszych latach napisał nawet poemat wzorowany na Lukrecjuszu, przedstawiający założenia owej hipotezy. Z produkcji alchemicznego lekarstwa też nic nie wyszło, później Fatio zajął się zegarkami z rubinowymi łożyskami, dla reklamy zabiegał nawet o certyfikat od Newtona. W 1707 r. zaangażował się w działalność tzw. proroków z Cévennes, grupy religijnych entuzjastów słynących z wizji i glosolalii. Ponieważ wieścili oni ponowny pożar Londynu, skazano ich, a wśród nich Fatio, na karę pręgierza. W ostatnich latach swego długiego życia Fatio zapisywał sny.
Lata dziewięćdziesiąte były ostatnim okresem naukowej pracy Newtona. Po napisaniu Principiów Newton pragnął osiągnąć postępy również w innych swoich badaniach. Zajmował się intensywnie alchemią, przygotowywał do wydania swoje prace optyczne i matematyczne. David Gregory goszczący w 1694 r. w Cambridge zapisywał notatki po rozmowach z Newtonem, tzw. memoranda. Poruszane są w nich najrozmaitsze tematy dotychczasowej pracy Newtona: zagadnienia geometrii nowej i antycznej, liczba gwiazd, problemy barw i konstrukcji przyrządów optycznych, chemia, magnetyzm, filozofia Epikura, styl ksiąg Nowego Testamentu, pochodzenie religii starożytnych, mierzenie ciepłoty, związek oporu ośrodka z kształtem ciała. Newton miał coś do powiedzenia niemal na każdy temat naukowy i chciał zapewne podzielić się wreszcie swymi przemyśleniami. W latach 1694-1695 próbował też poprawić teorię Księżyca. Niedokładności tej teorii wciąż kilkakrotnie przekraczały wielkość 2-3', która umożliwiłaby wyznaczanie długości geograficznej na morzu. W dodatku musiał wprowadzić do tej teorii pewne założenia ad hoc, nie wynikające z prawa powszechnego ciążenia. Ostatecznie okres ten nie mógł się równać ze szczytowymi latami jego naukowej twórczości i nie przyniósł istotnych wyników. Rozmaite projekty publikacji również zostały odłożone na nieokreśloną przyszłość.
W roku 1693 Newton przeszedł ostry kryzys psychiczny. Wydaje się, że zaczął nagle obawiać się swoich przyjaciół, poczuł się osaczony, a podejrzliwość przeszła w obsesję. 13 września napisał do Samuela Pepysa, który miał rzekomo nalegać przez wysłannika, aby Newton zobaczył się z nim w Londynie:
byłem przeciwny; lecz zgodziłem się pod jego naciskiem, nim zastanowiłem się, co robię, gdyż jestem skrajnie znękany pomieszaniem, w jakim się znalazłem i nie sypiam dobrze przez te dwanaście miesięcy ani nie mam swej dawniejszej stałości umysłu. Nie zamierzałem nigdy otrzymać niczego dzięki pańskiej protekcji ani dzięki łasce króla Jakuba, ale teraz jestem świadom, że muszę wycofać się ze znajomości z panem i nie widywać już ani pana, ani reszty moich znajomych [...] [43].
Pepys nikogo nie przysyłał do Newtona w tym czasie. Oprócz wyraźnej udręki węwnętrznej list ujawnia, że w głębi ducha Newton czuł się upokorzony zabiegami o posadę za pośrednictwem ludzi takich choćby jak Pepys – który był przez wiele lat blisko związany z Jakubem jeszcze jako księciem Yorku. Kilka dni później Newton odezwał się do Locke'a:
Panie,Będąc zdania, że stara się pan wpędzić mnie w pomieszanie przez kobiety i na inne sposoby, byłem tym tak mocno dotknięty, że kiedy powiedziano mi, że jest pan chory i nie przeżyje, odrzekłem, iż byłoby lepiej, gdyby pan nie żył. Pragnę, aby wybaczył mi pan ten brak miłosierdzia. [...] przepraszam [...] za twierdzenie, że podcina pan korzenie moralności w zasadzie, którą wyłożył pan w swej książce o ideach [...] i że brałem pana za hobbistę [zwolennika Hobbesa]. Przepraszam także, że mówiłem, iż istnieje plan sprzedania mi urzędu bądź wpędzenia mnie w pomieszanie.
Pański najpokorniejszy i najbardziej nieszczęśliwy sługa Iz. Newton [43].
Pomieszanie, o którym wspomina Newton, mogło być paranoiczną reakcją na próbę ściągnięcia Newtona razem z Fatio do Oates. Fatio donosił o tym Newtonowi, komentując, że sam został zaproszony, ponieważ gospodarze myśleli, że dzięki temu łatwiej uda się nakłonić Newtona do wizyty. W niebezpośredni sposób mogło się w tych wynurzeniach odbić potępienie fundamentalisty Newtona dla nieformalnego związku Locke'a z lady Masham i dla samego siebie w roli tolerancyjnego gościa i przyjaciela.
Zarówno Pepys, jak i Locke zareagowali przyjacielską troską i starali się jak najprędzej puścić cały incydent w niepamięć. Przyjaźń z Lockiem nie została zerwana, choć Locke poczuł się urażony odsłonięciem tylu wrogich uczuć u swego przyjaciela (i uwagą o swoich Rozważaniach); obaj uczeni nigdy nie byli już sobie tak bliscy jak poprzednio. Newton tłumaczył swój stan ducha nieco absurdalnie:
Zeszłej zimy sypiając zbyt często przy kominku nabrałem złego nawyku spania, a rozstrój, który był epidemiczny tego lata, jeszcze bardziej wytrącił mnie z równowagi, tak że kiedy pisałem do pana, nie przespałem ani godziny w ciągu żadnej nocy od w sumie dwóch tygodni i ani chwili w ciągu pięciu nocy [43].
Kryzys psychiczny Newtona trudno powiązać z jakimiś konkretnymi wydarzeniami. Zarówno przed kryzysem, jak i potem pracował naukowo. Wydaje się, że był to najgłębszy z kilku podobnych kryzysów w jego życiu. Być może wywołało go zmęczenie bardzo intensywną pracą lub rozczarowanie jej wynikami w ostatnim okresie, które w zestawieniu z Principiami były nieznaczące. Mniej więcej w tym czasie zostały zerwane na zawsze bliskie stosunki między Newtonem a Fatio. Swój udział mogły także mieć rozterki związane z ubieganiem się o posadę i koniecznością porzucenia postawy arbitra moralnego na rzecz bardziej pragmatycznego nastawienia do życia. Z perspektywy jego dalszych losów kryzys ten znamionował trudną i bolesną przemianę odwróconego od świata uczonego w postać publiczną.