W marcu 1696 r. Izaak Newton otrzymał propozycję stanowiska kuratora (warden) mennicy królewskiej w Londynie. Już wcześniej interesował się skromniejszą posadą kontrolera mennicy, nic jednak wtedy z tego nie wyszło. Nominacja była niespodziewana, a przynajmniej nie była spodziewana tak szybko – zaledwie kilka dni wcześniej Newton prosił Halleya, aby dementować pogłoski o powołaniu go na urząd kontrolera. W niespełna miesiąc później Newton przeniósł się do Londynu i nigdy już nie wrócił na stałe do Cambridge, choć jeszcze przez wiele lat pozostawał formalnie profesorem katedry Lucasa i pobierał wynagrodzenie. Decyzja była szybka i podjęta najwyraźniej bez żalu; po swoim wyjeździe Newton nie podtrzymywał stosunków z nikim w Cambridge.
Nominacja była zasługą Charlesa Montague, kanclerza skarbu, dawnego studenta Cambridge. W latach osiemdziesiątych Montague próbował organizować w Cambridge towarzystwo filozoficzne, w czym pewien udział brał również i Newton. Posada traktowana była jako synekura mająca przynosić ok. 400 funtów rocznego dochodu, dawała również prawo do domu na terenie Tower, gdzie pod strażą wojska mieściły się zabudowania mennicy. Z tego ostatniego przywileju Newton wkrótce zrezygnował. W owym czasie na zatłoczonej, niewielkiej powierzchni w obrębie murów Tower bicie monet trwało od czwartej rano do północy, nad czym pracowało około 300 robotników i 50 koni obracających urządzenia.
W myśl dawniejszych przepisów kurator miał być przedstawicielem Korony, który negocjował warunki wybijania monet z wykonawcami zamówienia. Mennica przekształciła się jednak w urząd publiczny utrzymywany z dochodów celnych i prawdziwe zwierzchnictwo sprawował jej nadzorca (master). Był nim wtedy Thomas Neale zajęty wieloma innymi intratnymi interesami i nie poświęcający wiele czasu mennicy. Newton wkrótce zaczął zabiegać o przywrócenie dawnych zasad i prerogatyw kuratora, co mu się zresztą nie powiodło. Pracował jednak na tyle energicznie, że wkrótce stał się faktycznie najbardziej potrzebnym urzędnikiem mennicy.
Niemal cały swój czas Newton poświęcił mennicy, z dnia na dzień rezygnując z pracy naukowej. Nie ma powodu sądzić, że kiedykolwiek żałował tej decyzji. Christopher Hill zestawił nawet ten zwrot w życiu Newtona z zakończeniem kariery pisarskiej przez Szekspira – obaj zrezygnowali będąc w wysokiej formie twórczej, by odtąd prowadzić życie szacownych obywateli. Newton zdobył dzięki temu pozycję, jakiej nie mogłoby mu przynieść samo uprawianie nauki, służba publiczna zyskała zaś w jego osobie sumiennego, uczciwego i inteligentnego urzędnika. Wielu uczonych obejmowało wtedy urzędy, urzędnikami byli również Locke i Halley, choć ten ostatni, nie przepojony tak bardzo jak Newton ideą służby, mocno narzekał na swoją posadę.
Gdy Newton zaczął wypełniać swe dobrowolnie podjęte obowiązki, trwała właśnie wielka operacja wybijania nowych monet. W obiegu znajdowało się bowiem wiele monet sfałszowanych bądź mających poobcinane brzegi. W poprzednim roku po zasięgnięciu rady u licznych ekspertów (m.in. Newtona i Locke'a) podjęto decyzję ponownego wybicia srebrnych monet o prawidłowej wadze. Specjalna maszyna, której działanie było tajemnicą państwową, miała karbować brzegi monet, aby lepiej zabezpieczyć je przed obcinaniem.
Trwałe poprawienie monety miałoby oczywiście korzystne skutki gospodarcze. Na krótką jednak metę na operacji wymiany tracili przede wszystkim ubożsi, którzy musieli oddawać stare monety na złom, tracąc około połowy wartości. Zyskiwali natomiast ci, którzy płacili bezpośrednie zobowiązania względem państwa, np. podatki, starymi monetami według ich nominalnej wartości.
Operacja wymiany nie nadążała za potrzebami rynku, mimo iż w samej tylko mennicy londyńskiej każdy z 9 stempli wybijał po 50-55 monet na minutę – jak to określił eksperymentalnie nowy kurator. Zorganizowano wkrótce dodatkowe mennice na prowincji i w ich organizacji Newton wziął czynny udział, umieszczając w jednej z nich, w Chester, Halleya. Newton analizował wydajność pracy i koszty na różnych stanowiskach, badał również stan prawny. Kopiował własnoręcznie raporty za ubiegłe trzydzieści lat (nawet po dwa razy!), przywileje i proklamacje dotyczące mennicy od czasów Edwarda IV, ale zbierał też dokumenty na temat całkiem współczesnych finansowych machinacji nadzorcy Neale'a i kontrolera Hoare'a. Potrafił również walczyć jak rasowy urzędnik o każdy najdrobniejszy fragmencik władzy, stąd na przykład jego spory z komendantem Tower, w których niezmiennie bronił zarówno „swoich” ludzi, jak i „swojego” terytorium, choć po zakończeniu operacji wymiany mennica z powodzeniem mogła zrezygnować z części zajmowanego terenu. Gdy w 1698 r. nowe monety całkowicie zastąpiły stare, Newton sprawował już de facto władzę w mennicy. Wymiana monet dała zresztą bardzo niewiele, ponieważ wciąż opłacało się przetapiać je na złom.
Do obowiązków kuratora należało również ściganie fałszerzy i obcinaczy monet. Przestępstwa te karane były jak zdrada stanu. Newton zaczął od przestudiowania raportów za ostatnie 25 lat, postarał się o dodatkowego urzędnika i zabrał się do dzieła. Uczestniczył osobiście w przesłuchaniach, jeździł w tym celu do różnych tawern i więzienia Newgate, stosował również prowokację: zachował się rachunek za strój, w którym jego współpracownik wyglądać miał jak bohater Opery żebraczej, aby nie wzbudzić podejrzeń wśród przestępców. Pod kierunkiem Newtona udało się złapać kilkudziesięciu fałszerzy, w tym sławnego z bezczelności Williama Chalonera. Newton miał wśród pensjonariuszy Newgate opinię wyjątkowo zawziętego prześladowcy; trudno ustalić obecnie, czy wykonywał tę pracę jedynie z rozwiniętego poczucia obowiązku. Ówczesne społeczeństwo miało niewiele litości dla przestępców.
Newton okazał się urzędnikiem sprawnym i niezmordowanym, choć może zbyt konserwatywnym i zbyt przywiązanym do precedensów oraz status quo ante. Potrafił ułożyć argumentację prawną, racjonalizował zasady funkcjonowania mennicy, kontrolował finanse. Nie pozwalał się również oszukiwać finansistom z City, gdy proponowali rozmaite interesy niekorzystne dla Korony reprezentowanej przez Newtona z całą sumiennością. Żyjący przez wiele lat w niemal klasztornym odosobnieniu profesor musiał teraz stykać się z całym przekrojem społeczeństwa: od dobrze urodzonych posłów, absolwentów uniwersytetów i biskupów przez urzędników, robotników aż po światek przestępców.
Nie tylko wśród młodych uczonych, ale i w mennicy Newton miał swoich protegowanych. Jednym z nich był Hopton Haynes, w chwili przybycia Newtona młody urzędnik, który z czasem awansował dzięki jego poparciu. Haynes ogłosił anonimowo pod koniec życia broszurę głoszącą unitariańskie poglądy – niewątpliwie rezultat wpływu Newtona.
Choć Newton dbał o swoje dochody (co Fontenelle w swej Eulogii uznał za godne naśladowania przez francuskich filozofów) i umarł jako człowiek bogaty, to nie dążył jednak do zdobycia pieniędzy z bezwzględnością wielu z tych ludzi, z którymi przyszło mu się stykać. Na operacji bicia nowych monet Neale, który niezbyt się sprawą interesował i pozostawił po sobie nieuporządkowane rachunki, zarobił ponad 20 000 funtów, Newton natomiast otrzymywał jedynie swoją pensję. Kiedy po śmierci Neale'a Newton sam został nadzorcą mennicy, dochody nie były już tak zawrotne, wahając się zresztą z roku na rok zależnie od wykonywanych zamówień i sytuacji ekonomicznej. Newtonowi udało się z czasem zdobyć na tyle trwałą pozycję w mennicy, że awansował mimo odsunięcia swego protektora Montague od władzy. Dopiero jednak w 1701 r., już po objęciu zwierzchnictwa mennicy, Newton zaprosił na katedrę Lucasa Williama Whistona jako swego zastępcę, a po następnym roku zrzekł się formalnie katedry na jego rzecz. Zrezygnował również z członkostwa Trinity, wiążąc resztę swego życia z mennicą i Londynem.
Jako wysoki urzędnik, ceniony ekspert i doradca w różnych sprawach wymagających wiedzy ekonomicznej, technicznej czy naukowej – rozróżnienie nie było wtedy zbyt ostre – Newton był osobistością publiczną, otoczoną w dodatku aurą naukowej sławy. Żył dość skromnie, potępiał zresztą konsumpcyjną rozrzutność i wymianę dobrego angielskiego złota na starą chińską porcelanę, co jego zdaniem zubażało kraj, ale nie był też ascetą. Portrety, które często teraz zamawiał, przedstawiają mężczyznę o coraz pełniejszej twarzy, przekształcającego się stopniowo w symbol dostojeństwa i urzędowej godności. W domu posiadał komplet sreber obejmujący naczynia stołowe, świeczniki oraz dwa srebrne nocniki. Znane jest też jego upodobanie do purpury: miał purpurową sofę, purpurowe zasłony i łoże z purpurowymi kotarami.
Newton w swoich latach londyńskich był już innym człowiekiem niż dawny purytanin. Nie reagował już tak często świętym oburzeniem, a nawet nauczył się korzystać z niektórych przyjemności oferowanych przez miasto. Bywał w kawiarniach, bardzo wtedy w Londynie popularnych. Kawiarnie należały zresztą do niewielu miejsc wolnych od plagi pijaństwa, stanowiącej, zwłaszcza zdaniem cudzoziemców, narodową wadę Anglików. Nie nauczył się natomiast chodzić do teatrów i do opery ani cenić sztuki za jej wartości estetyczne. Słuchając kiedyś gry Haendla na klawesynie, zauważył tylko elastyczność palców artysty. Lord Pembroke, właściciel sławnej kolekcji antycznych rzeźb, był dla niego „miłośnikiem kamiennych lalek”. Piękno zawsze wydawało się Newtonowi dość podejrzane, choć cenił elegancję dowodu matematycznego, a jego charakter pisma również był bardzo staranny. Gdzie jednak kończyła się użyteczność lub prawda, piękno było jedynie zbędną ozdobą.
Z tego punktu widzenia oceniał też literaturę, Homer i Owidiusz w jego bibliotece byli nie mistrzami poetyckiego języka, lecz kronikarzami. Poezja nie przekazująca wiedzy była jego zdaniem pustą zabawą. Niechęć do retoryki, dążenie do prostego języka były zresztą wspólne wielu członkom Towarzystwa Królewskiego, którzy chwalili język rzemieślników, kupców i wieśniaków raczej niż zawiłe figury szkolarzy. Newton starał się zawsze jak najdokładniej oddać swoją myśl, unikał na ogół metafor i wolał nużącą dosłowność wyliczeń i powtórzeń niż błyskotliwy skrót.
Mimo przeniesienia się do Londynu Newton nie zerwał więzów z rodzinnym Lincolnshire. Wciąż administrował swoim tamtejszym majątkiem i doglądał dzierżawców, nie dając się oszukiwać i w razie potrzeby dochodząc sądownie swoich racji. Pomagał swoim krewnym w różnych nieszczęściach – był najwybitniejszym przedstawicielem rodziny. Zaopiekował się też siostrzenicą, córką zmarłego proboszcza Bartona, Catherine Barton. Nie wiadomo dokładnie, kiedy Catherine zamieszkała w domu Newtona, lecz zachował się list z 1700 r., w którym wuj pisząc do swej wychowanicy przebywającej w Oxfordshire donosił jej o kilku drobiazgach i martwił się, czy wietrzna ospa nie pozostawi śladów na jej skórze. Choroba minęła bez śladu, a Catherine szybko zasłynęła w londyńskim towarzystwie z urody i dowcipu. Przez wiele lat mieszkała z Newtonem, później już jako pani Conduitt. Voltaire, który przyjechał do Anglii zbyt późno, aby mógł spotkać się z samym Newtonem, poznał panią Conduitt i ogłosił:
Sądziłem w młodości, że Newton swą karierę zawdzięcza własnym zasługom. Przypuszczałem, że dwór i miasto Londyn powołało go na nadzorcę mennicy przez aklamację. Nic podobnego. Izaak Newton miał czarującą siostrzenicę, madame Conduitt, która podbiła serce ministra Halifaxa. Fluksje i grawitacja byłyby bezużyteczne bez ładnej siostrzenicy [73].
Voltairowskie cherchez la femme jest zgrabną nieprawdą – Newton otrzymał stanowisko nadzorcy mennicy za swoje własne zasługi, bardziej zresztą urzędnicze niż naukowe. Charles Montague, który miał otrzymać tytuł barona i przyjąć imię Halifax, nie był już wtedy ministrem. Kwestia związku Halifaxa z czarującą Catherine Barton spędzać miała jednak sen z powiek wiktoriańskim biografom Newtona.
Charles Montague po swoich niezbyt intensywnych studiach w Cambridge – stopnie naukowe otrzymywał dzięki królewskim mandatom i nie brakło mu czasu na pisanie poezji popularnych w Londynie – ożenił się z diuszesą Manchesteru, która była co prawda o wiele od niego starsza, lecz majętna i wpływowa. Montague został wkrótce ministrem i bywalcem Kit Kat Club, znanego ze swoich toastów rytych diamentem na kielichach i portretów członków pędzla sir Godfreya Knellera (który malował również cztery razy Newtona). Montague przez kilka lat swego urzędowania zgromadził, jak to było przyjęte, duży majątek i musiał zrezygnować z tak znakomitego stanowiska na rzecz innych, którzy również potrzebowali pieniędzy. Jako urzędnik był zresztą postacią wybitną, założycielem Banku Anglii.
Nie bardzo wiadomo, co przyciągnęło w swoim czasie Charlesa Montague do surowego i nietowarzyskiego Newtona, ale to właśnie jego protekcja zapewniła Newtonowi stanowisko kuratora w mennicy. Montague mógł znaleźć kogoś politycznie bardziej przydatnego, choć jest również prawdą, że próbował dyskontować sławę Newtona na gruncie polityki. Z jego namowy Newton został posłem z Cambridge do parlamentu w roku 1701 (roku rezygnacji z katedry). W ramach organizowanej przez Halifaxa kampanii politycznej w roku 1705 królowa Anna nadała Newtonowi tytuł szlachecki na uroczystości w Cambridge, tytuł przyznany raczej politykowi wigów niż uczonemu. Mimo to Newton nie został wybrany i nie odegrał żadnej roli politycznej, pewien wpływ miały tu być może wysuwane przeciw niemu posądzenia o religijny nonkonformizm. Newton wolał w tej sytuacji nie stawać do wyjątkowo bezpardonowej walki wyborczej.
Związek Halifaxa i Newtona umocnił się jeszcze dzięki Catherine Barton. W 1706 r. kodycyl do testamentu Halifaxa przewidywał dla niej 3 000 funtów i biżuterię, nowy kodycyl w 1713 r., na dwa lata przed śmiercią Halifaxa, mówił o 5 000 funtów, eleganckiej posiadłości Bushey Park oraz majątku ziemskim, którego dochody miały służyć utrzymaniu owej posiadłości. Wszystko to stanowiło, jak określił Halifax, „niewielkie wynagrodzenie za przyjemność i szczęście, jakie znalazłem w obcowaniu z nią”. Halifax po śmierci żony nie ożenił się ponownie i związek z Catherine Barton nie został zalegalizowany. Związek ten nie był też specjalnie głośny, mimo że, a może właśnie dlatego, że Halifax był słynnym bon vivantem i lubił towarzystwo kobiet. Jedynie złośliwcy w rodzaju Flamsteeda wykorzystywali dwuznaczność słowa „obcowanie”, sugerując nieślubny związek.
Niektórzy biografowie Newtona czuli się zmuszeni do twierdzenia, iż ich bohater nie mógłby tolerować takiego nielegalnego związku pod swoim bokiem. W XIX w. Augustus de Morgan dowodził w specjalnie napisanej książeczce, że Halifaxa i Catherine Barton łączył tajemny ślub, którego śladu nie przechowały żadne dokumenty. Jak się jednak wydaje, Newton tolerował ten związek jako pewnego rodzaju zbliżenie się do rodziny człowieka możnego – trudno bowiem uwierzyć, że niczego się nie domyślał i że nawet znane mu kodycyle testamentu nie nasunęły nigdy żadnych podejrzeń. Sama Catherine Barton wyszła potem dobrze za mąż za młodszego od niej i bogatego Conduitta, a ich córka weszła przez małżeństwo do najwyższych sfer arystokracji angielskiej. Można się domyślać, że Izaak Newton, który z zapałem układał swoje drzewo genealogiczne i usiłował dowieść swego szlacheckiego pochodzenia, nie byłby przeciwny takiemu obrotowi spraw.
Lata londyńskie pokazują Newtona jako człowieka praktycznego, umiejącego zabiegać o swoje cele różnymi środkami, nie wyłączając intryg. Potrafił na przykład sam przygotować petycję, którą następnie złotnicy londyńscy mieli zgłosić „w swoim imieniu”. Nie był już moralistą, ale nie stał się też człowiekiem pozbawionym skrupułów. W przypadku Halifaxa i Catherine Barton, niewykluczone, że stary człowiek darzył ich oboje jakiegoś rodzaju wybaczającym sentymentem. Jak można sądzić z relacji współczesnych i z jedynego zachowanego listu do Jonathana Swifta, Catherine była subtelną précieuse i być może nawet Newton poddał się jej urokowi. Ponadto Catherine przypominała zdaje się swoją babkę Hannah Smith, a Newton nie był już tak zasadniczy i skłonny do potępiania innych jak dawniej.