W ciągu pierwszych lat w Londynie Newton prawie nie bywał na posiedzeniach Towarzystwa Królewskiego. Samo Towarzystwo było cieniem instytucji z poprzednich lat, liczba członków oraz poziom debat gwałtownie spadły, a niezdyscyplinowany empiryzm coraz częściej prowadził do omawiania ciekawostek w rodzaju cieląt o dwóch głowach czy przypadku kobiety z Gloucester, której po wielu nieudanych próbach udało się otruć męża dopiero arszenikiem.
Towarzystwo zbierało się co środa w pokojach Hooke'a w Gresham College, co było zapewne jednym więcej powodem rzadkiego pojawiania się Newtona. W każdym razie, gdy w 1703 r. Hooke zmarł, Newton zgodził się, aby wybrano go przewodniczącym. Pozostawał nim nieprzerwanie aż do śmierci.
Do tej pory najważniejszą funkcją w Towarzystwie było stanowisko sekretarza, stanowisko przewodniczącego traktowane było honorowo i powierzane wybitnym osobistościom, niekoniecznie związanym z nauką. Poprzednio, w latach 1695-1698 wiecznie nieobecnym przewodniczącym był Montague, potem lord Somers, inny wybitny polityk, któremu również brak było czasu na posiedzenia Towarzystwa. Newtonowi dogadzało zapewne, że został następcą nie któregoś z uczonych kolegów, lecz całej plejady lordów i wysokich urzędników państwowych. Szybko też stał się pierwszym przewodniczącym, który rzeczywiście kierował Towarzystwem.
Towarzystwo Królewskie skupiało przede wszystkim lekarzy i garstkę „matematyków”, czyli astronomów, nauczycieli matematyki itp. oraz około dwukrotnie więcej amatorów nauki. Najbardziej wpływową grupę stanowili lekarze, wśród nich tacy jak Arbuthnot, lekarz królowej Anny albo Hans Sloane, pełniący funkcję sekretarza Towarzystwa, ludzie majętni i wpływowi.
Zwierzchnictwo Newtona szybko dało o sobie znać. Narzucił dyscyplinę organizacyjną, posiedzenia przeniósł na czwartki, ponieważ w środy zajęty był w mennicy, zaczął egzekwować składki, aby poprawić opłakany stan finansowy Towarzystwa. Sytuacja była zresztą o tyle trudna, że Gresham College wypowiedziało lokal i Towarzystwo zmuszone było poszukać sobie nowego. Newton z żelazną systematycznością uczęszczał na posiedzenia Rady Towarzystwa, w ciągu ponad dwudziestu lat opuszczając tylko kilka zebrań, dopóki podeszły wiek nie zmusił go do pozostawania w domu.
Opracował również schemat działalności Towarzystwa, które miało zatrudnić 5 demonstratorów do przeprowadzania pokazowych doświadczeń z pięciu działów filozofii naturalnej: matematyki z mechaniką, astronomii z optyką, fizjologii z anatomią, botaniki oraz chemii. Eksperymenty te miały dostarczać materiału do dyskusji. Wprowadził również zwyczaj stenografowania obrad i rozpoczynania każdego zebrania od odczytania stenogramu z poprzedniego zebrania tak, aby po tygodniowym namyśle dać jeszcze okazję do dyskusji. Zainicjował również ceremonie ze ściśle określoną etykietą. W czasie obrad na honorowym miejscu siedział przewodniczący, dwaj sekretarze po jego bokach, chyba że przewodniczący zdecydował posadzić obok siebie jakiegoś szczególnie godnego cudzoziemca. Pedel wnosił laskę ozdobioną znakami Towarzystwa. W czasie zebrań należało zachowywać powagę, w dyskusjach nie wolno było używać argumentów odnoszących się do osób, a nie poglądów.
Łatwiej było zaprowadzić ceremonie niż zapewnić wysoki poziom naukowy zebrań, ale i tu Newton odniósł pewne sukcesy. Nie udało się co prawda nigdy znaleźć owych 5 demonstratorów z projektu, ale od czasu do czasu pojawiał się ktoś, kto potrafił przeprowadzać sekcje albo eksperymenty. Najwybitniejszą postacią był Francis Hauksbee, który prowadził doświadczenia z pompą próżniową i badał zjawiska elektryczne. Hauksbee mierzył również opór powietrza przez strącanie szklanych baniek z katedry św. Pawła w Londynie (wyniki omówione zostały w II wydaniu Principiów). Hayksbee przeprowadził też cykl doświadczeń, które miały wykazać, że siły między cząsteczkami są przyczyną włoskowatości. Przynajmniej część tych badań była zasugerowana przez Newtona. Nie traktował on jednak Hauksbee'ego jak młodszego kolegi, lecz raczej jak służącego, polecając mu na przykład przyjść wieczorem do swego domu, aby za dwie gwinee zademonstrować eksperymenty gościom, np. Halifaxowi czy biskupowi Dublina.
Mimo iż Newton spotykał się na każdym kroku z deklaracjami w rodzaju tej, jaką złożył John Chamberlayne oznajmiając, iż chciałby w Newtonie widzieć „perpetualnego dyktatora” Towarzystwa, to jednak ani razu nie był wybrany jednogłośnie w wyborach do rady czy na przewodniczącego. Newton dbał o Towarzystwo, ale w zamian oczekiwał przede wszystkim posłuszeństwa i poparcia. Kiedy znalazł budynek na siedzibę Towarzystwa, zwołał szybko posiedzenie, które miało uprawomocnić jego zabiegi, lecz gdy rozpoczęła się autentyczna dyskusja i groziło głosowanie, Newton zakwestionował natychmiast prawo zebranych do rozstrzygania omawianych kwestii.
Największe poparcie miał Newton wśród matematyków, którzy tworzyli zwartą grupę jego zwolenników związaną zarówno autentycznym podziwem, jak i świadomością jego wpływu na obsadzanie stanowisk. David Gregory, niezbyt zdolny, ale umiejący się wkupić w łaski Newtona, został jeszcze w 1692 r. profesorem Savile'a astronomii. Roger Cotes w 1706 r. został profesorem nowej katedry Plume'a w Cambridge w wieku zaledwie 24 lat. Cotes przygotował później II wydanie Principiów, zmuszając Newtona do ostatniej poważnej pracy z fizyki. Halley, który wcześniej nie dostał katedry astronomii, ponieważ władze kościelne uznały go winnym głoszenia tezy o wieczności świata, został w 1703 r. profesorem geometrii Savile'a, potem zaś sekretarzem Towarzystwa. Powierzane były mu zresztą najróżniejsze inne zadania, jak np. zwiedzanie tawern Londynu z gościem ze wschodu, carem Piotrem Wielkim, który odwiedził mennicę i tam oprowadzany był przez Newtona. Colin Maclaurin otrzymał katedrę w Edynburgu, a Henry Pemberton został profesorem „fizyki” (tzn. medycyny) w Gresham College. Wszystkie te nominacje były rozdzielane przez Newtona, który rządził swoim miniaturowym państewkiem suwerennie i apodyktycznie, nie tolerując żadnego nieposłuszeństwa. Najwyższą wartością w kręgu uczniów Newtona była absolutna lojalność wobec mistrza.
Pozycję naukową Newtona wzmocniła jeszcze bardziej publikacja Optics (Optyka) w 1704 r. Książka, choć została zaprezentowana Towarzystwu przez jego nowego przewodniczącego, nie była mu jednak dedykowana jak Principia. Principia prawie nie miały prehistorii – większość wyników uzyskana została w ostatniej chwili, Optyka natomiast była dla jej autora wyłącznie prehistorią, od wielu już bowiem lat nie prowadził pracy badawczej. Razem z Optyką ukazały się dwie równie stare rozprawy matematyczne, z których jedna, dotycząca analizy, miała jedynie historyczne znaczenie, druga zaś o krzywych trzeciego stopnia długo jeszcze miała czekać na kontynuatorów. Z chwilą opublikowania Optyki wszystkie najważniejsze idee Newtona ukazały się w formie książkowej i dzięki Optyce popularność Newtona zaczęła rosnąć jeszcze szybciej niż po wydaniu Principiów. Optyka napisana była po angielsku i miała charakter eksperymentalny – pozwalało to na zrozumienie jej treści bez znajomości matematyki.
Newton nigdy nie cierpiał sprzeciwu i najlżejsza krytyka jego prac wyprowadzała go z równowagi na długie miesiące. Z wiekiem, w miarę uzyskiwania władzy, coraz częściej narzucał innym swoją wolę, będąc pod tym względem nieodrodnym synem epoki monarchii absolutnych. Jednym z najbardziej charakterystycznych przykładów postępowania Newtona są dzieje jego stosunków z królewskim astronomem Flamsteedem. Ich kontakt naukowy zaczął się już przy okazji komety 1680 r., gdy Newton sądził, iż chodzi o dwie różne komety – wbrew opinii Flamsteeda (który jeszcze po dwudziestu latach przypominał wielkiemu uczonemu tę pomyłkę). John Flamsteed również nie miał łatwego charakteru. W dzieciństwie ciężko chorował, prawdopodobnie na stawy, i w rezultacie okulał na resztę życia. Wcześnie odumarła go matka, a ojciec zbyt szybko zdaniem syna pogodził się ze stratą i ponownie ożenił. W 1670 r. Flamsteed znalazł patrona w osobie sir Jonasa Moore'a, dzięki któremu studiował w Cambridge i w 1675 r. został pierwszym astronomem w nowo założonym obserwatorium w Greenwich. Oprócz 100 funtów rocznie otrzymywanych jako swoje wynagrodzenie na tym stanowisku Flamsteed miał dochody z probostwa w Burstow, choć jak twierdzili złośliwi więcej uwagi poświęcał błądzeniu gwiazd niż zabłąkanym owieczkom ze swej parafii.
Nieporozumienia między Newtonem a Flamsteedem wynikały po części z ich odmiennych punktów widzenia na zadania nauki. Flamsteed był obserwatorem, który postawił sobie za cel osiągnięcie większej dokładności w pomiarach położeń gwiazd i planet. Przede wszystkim chciał stworzyć wielki katalog położeń gwiazd, swego rodzaju niebiański inwentarz, mieszczący się w tradycji wielkich poprzedników od Ptolemeusza do Tychona. Teorie astronomiczne były dla Flamsteeda jedynie wnioskiem z obserwacji; nie był zresztą na tyle biegły w matematyce, aby rozumieć pracę Newtona.
Newton z kolei patrzył na obserwacje z punktu widzenia ich przydatności teoretycznej, a nawet jeszcze ściślej, z punktu widzenia ich przydatności do własnych teorii. Flamsteed nie dorównywał Newtonowi jako uczony, co nie znaczy, żeby skłonny był bez szemrania udostępniać wyniki swojej wieloletniej pracy na każde żądanie. Nieporozumienia między dwoma uczonymi zaczęły się już w latach 1694-1695, gdy Newton usiłował zbudować teorię ruchu Księżyca. Z wielkim trudem wydobył wtedy od Flamsteeda około 150 pozycji Księżyca, uciekając się do perswazji i niemalże gróźb, dostarczając mu tablice refrakcji (Flamsteed miał pretensję, że Newton przesłał mu tablice bez objaśnienia ich zasady, Newton zaś irytował się, że stracił niepotrzebnie dwa miesiące na teorię refrakcji), proponując pieniądze dla rachmistrza, który zbyt wolno opracowywał obserwacje, a nawet przesyłając rady, jak uleczyć chroniczne bóle głowy Flamsteeda. Teoria Księżyca nie udała się i Newton, nieskory do obwiniania siebie za cokolwiek, twierdził, że miał zbyt mało obserwacji.
Pobożny i irytująco cnotliwy Flamsteed przez wiele lat udzielał napomnień Halleyowi (często w listach do osób trzecich), który według niego przeklinał i pił brandy jak kapitan, publikował błędne obserwacje i w dodatku obmawiał królewskiego astronoma, zarzucając mu, że przez tyle lat pracy niczego nie opublikował. Brak publikacji był czułym punktem Flamsteeda, który wciąż poprawiał i sprawdzał swe obserwacje, nie chcąc ogłaszać niepełnych wyników. W dodatku od 1689 r. zaczął używać wielkiego kwadrantu ściennego, który kosztował go 120 funtów z własnych dochodów i który pozwalał na zwiększenie precyzji obserwacji. Oznaczało to jednak, że cały przegląd nieba należy powtórzyć za pomocą nowego przyrządu i perspektywa publikacji znów odsunęła się w czasie.
W 1699 r. w planowanej publikacji Flamsteed chcąc usprawiedliwić brak widocznych wyników, starał się wyszukać przykłady przydatności swej pracy, m.in. przypomniał przesłanie pozycji Księżyca Newtonowi. Zanim doszło do publikacji, Newton dowiedział się o całej sprawie:
Niezbyt lubię pojawiać się w druku przy każdej okazji, a jeszcze mniej, kiedy jestem molestowany i nagabywany przez cudzoziemców w kwestiach matematycznych bądź nasi rodacy mogą pomyśleć, że trwonię na nie czas, w którym powinienem doglądać interesów króla [43].
Newton domagał się też kategorycznie usunięcia wzmianki o sobie; rozdrażniony przypomnieniem naukowej porażki, przyjął wielkopański ton, dając do zrozumienia, że ważniejsze zajęcia nie pozwalają mu na teorie Księżyca i podobne fanaberie. Z kolei Flamsteed wziął do siebie uwagę o marnowaniu czasu i z godnością zaprzeczył, by jego obserwacje były marnowaniem czasu. Obaj uczeni byli jakby stworzeni do piętrzenia między sobą nieporozumień wszelkiego rodzaju.
Newton wciąż uważał, że teoria Księżyca możliwa jest do zbudowania, jeśli tylko będzie dysponował odpowiednio bogatym materiałem obserwacyjnym i natychmiast, gdy został przewodniczącym Towarzystwa zaczął działać w kierunku wydobycia obserwacji od upartego Flamsteeda. Tym razem chciał zmusić Flamsteeda nie do przekazania obserwacji jakiejkolwiek osobie, lecz do ich opublikowania. Starał się też działać przez pośredników, co było jego ulubioną metodą załatwiania niewygodnych spraw.
Newtonowi udało się dotrzeć do księcia Jerzego, małżonka królowej Anny, który obiecał wesprzeć finansowo publikację katalogu Flamsteeda i polecił przewodniczącemu Towarzystwa dopilnować szybkiej publikacji. Newton, w tym czasie już doświadczony urzędnik, powołał też komitet recenzentów, którzy mieli zająć się publikacją katalogu. Główny zainteresowany – Flamsteed – nie wszedł do komitetu (mimo iż był członkiem Towarzystwa), a komitet zignorował jego rozsądny projekt trzytomowej publikacji, która obejmowałaby również historyczne katalogi gwiazd oraz atlas nieba. W 1705 r. podpisano z Flamsteedem umowę i od 1706 r. zaczął się bardzo powolny druk dzieła. Komitetowi zależało głównie na wynikach otrzymanych za pomocą kwadrantu, a Flamsteed robił, co mógł, aby opóźnić ich dostarczenie.
W roku 1710 Newton uzyskał od królowej przywilej, aby przewodniczący i rada Towarzystwa powoływali Wizytatorów Obserwatorium Królewskiego, którzy mieli sprawować nadzór nad jego pracą. Obserwatorium Królewskie stanowili Flamsteed i zatrudniani przez niego na własny koszt pomocnicy. Teraz Flamsteed stał się podwładnym Newtona. Kiedy nadal zwlekał, otrzymał od Newtona list nie pozostawiajacy co do tego żadnych wątpliwości:
obserwatorium ufundowane zostało w tym celu, aby ułożyć kompletny katalog gwiazd stałych dzięki obserwacjom, które miały być wykonane w Greenwich i obowiązkiem [wynikającym z] pańskiego stanowiska jest dostarczenie obserwacji. [...] Dlatego żąda się, aby przesłał pan resztę katalogu do dra Arbuthnota albo przynajmniej przesłał mu obserwacje brakujące do skompletowania go [katalogu], żeby druk mógł postępować dalej. A jeśli w to miejsce zaproponuje pan coś innego bądź zacznie szukać wymówek albo zwlekać ponad potrzebę, zostanie to uznane za pośrednią odmowę spełnienia rozkazu Jej Królewskiej Mości. Oczekuje się pańskiej szybkiej i bezpośredniej odpowiedzi oraz posłuszeństwa [43].
Tymczasem, jak dowiedział się Flamsteed, druk katalogu postępował pod kierunkiem jego arcywroga Halleya, który w dodatku wprowadzał samowolne poprawki. Mimo protestów Flamsteeda w 1712 r. ukazała się Historia coelestis, zawierająca wyniki opracowane przez Halleya bez zgody ich autora. Halley otrzymał za tę pracę 150 funtów.
Newton wykorzystując instytucję wizytatorów chciał jeszcze bardziej podporządkować sobie Flamsteeda. Wezwał go w październiku 1711 r. na posiedzenie, w którym oprócz niego brało udział dwóch lekarzy – Sloane i Mead. Newton zaczął wypytywać o stan przyrządów obserwatorium i dowiedział się, że wszystkie są własnością Flamsteeda. Przebieg spotkania znamy z relacji Flamsteeda:
powiedziałem mu, że przez to obrabowany zostałem z owoców moich trudów, że wydałem ponad 2 000 [funtów] na instrumenty i pomocników. Na to porywczy mąż wybuchł gniewem i rzekł: „Jesteśmy więc rabusiami twoich trudów?” Odpowiedziałem, iż przykro mi, że sami to przyznają. Po czym wszystko, co wypowiedział, było w gniewie; obrzucił mnie wieloma obelgami – [słowo] szczeniak było najbardziej niewinną spośród nich. [...] W końcu nakazał mi z wielką gwałtownością (i powtarzał to) nie zabierać żadnych przyrządów z obserwatorium, ponieważ wcześniej powiedziałem mu, iż jeśli zostanę zwolniony z obserwatorium, zabiorę ze sobą sekstant. Ja żądałem tylko, by panował nad sobą, powściągał pasję i dziękowałem mu za każdą zniewagę, a szukając drzwi rzekłem mu, iż Bóg błogosławił dotąd wszystkim moim wysiłkom i będzie mnie ochraniał również w przyszłości [...] Rzekł mi ponadto, że otrzymałem 3 600 [funtów] od rządu. Odpowiedziałem mu, a co on zrobił za pensję 500 [funtów] rocznie, jaką otrzymuje, czy coś takiego; co go zamurowało [...] Powiedział, że nazwałem go ateistą. Ja – nigdy, ale wiem, co inni mówili o ustępie z jego Optyki; cyt w [40].
Flamsteed czuł się Bożym sługą, nie podlegającym jurysdykcji urzędników, Newton zaś usiłował traktować go jak służącego. Przewaga intelektualna w najmniejszym stopniu nie usprawiedliwia postępowania przewodniczącego Towarzystwa, walka o wydobycie obserwacji stawała się coraz bardziej walką o prestiż, ostatecznie przegraną przez Newtona. Pirackie wydanie Halleya zostało zapomniane, Flamsteed zaś doprowadził do wydania swoich obserwacji, dzieła swego pracowitego życia, w formie, jaką pierwotnie zamierzył. Z czasem też został uznany za najlepszego obserwatora swoich czasów, godnego następcę Tychona de Brahe.