Śmierć Leibniza nie zakończyła sporu o priorytet odkrycia rachunku różniczkowego. Trwał on nadal, podtrzymywany przez wielu uczonych bardzo rozmaitego kalibru. Główną i niezbyt chwalebną rolę po stronie kontynentalnej odgrywał Johann Bernoulli, który jednocześnie stale zapewniał Newtona o swoim szacunku. Sam Newton z wiekiem wycofywał się z czynnego udziału w polemikach, choć raz po raz urażony honor brał w nim górę nad rozsądkiem.
Jedną z konsekwencji zajadłych debat uczonych była popularyzacja newtonowskiej nauki poza Anglią. Już w 1699 r. Newton został jednym z ośmiu zagranicznych członków paryskiej Akademii Nauk, wtedy jednak dawał do zrozumienia, że niezbyt sobie ceni ów zaszczyt. Później zaczął dbać o swoją opinię wśród paryskich akademików, a nawet miał tam naukowych przyjaciół jak abbé Pierre Varignon, który próbował mediacji między Bernoullim a Newtonem i który otrzymał od Newtona w prezencie specjalnie namalowany portret. W 1715 r. delegacja francuska, przybyła do Anglii w celu obserwacji zaćmienia słońca, podejmowana była gościnnie przez przewodniczącego Towarzystwa i miała okazję oglądać optyczne doświadczenia demonstrowane przez Desaguliersa. Od tej chwili optyka Newtona zaczęła szybko zdobywać popularność. Rémond de Montmort, przewodniczący delegacji, wyjechał oczarowany również urodą i wdziękiem Catherine Conduitt. Nie przeszkodziło mu to zresztą w rozsądnym spojrzeniu na spór o priorytet odkrycia rachunku różniczkowego i całkowego, zwrócił bowiem uwagę, że to od Leibniza matematycy nauczyli się nowych metod, i to jest fakt niezaprzeczalny.
Popularność nauki newtonowskiej miała swoje odbicie w rosnącej liczbie wydań jego dzieł. Po angielskiej Optics w roku 1704, wyszło wydanie łacińskie Optice w roku 1706. Dopiero to wydanie mogło liczyć na międzynarodowe powodzenie, angielski bowiem był wciąż językiem mało znanym w Europie. W 1719 r. ukazało się II wydanie łacińskie Optyki, w 1720 r. w Amsterdamie jej tłumaczenie francuskie, a w roku następnym wyszło III wydanie angielskie; w Paryżu pod kierunkiem Varignona II wydanie francuskie. Również Principia miały kolejne edycje: II wydanie w 1713 r. przygotowane przez Cotesa i w wyniku jego dyskusji z Newtonem poprawione w wielu istotnych punktach oraz III wydanie w 1726 r. pod redakcją Pembertona, nie różniące się istotnie od poprzedniego. W ostatnim okresie Newton nie chciał dyskutować wszystkich niezbędnych zmian w Principiach, nie zareagował na przykład na odkrycie drobnego efektu w ruchu osi ziemskiej, tzw. nutacji, którą badacze uważali za niezgodną z powszechnym ciążeniem. Możliwości twórczej pracy Newtona w dziedzinie matematycznej fizyki słabły, z czego zdawał sobie sprawę, zwierzając się w 1719 r. Bernoulliemu, „Teraz gdy jestem już stary, niewiele przyjemności czerpię z badań matematycznych”. Autor tych słów zbliżał się do osiemdziesiątego roku życia i nadal był aktywny w innych, mniej wymagających dziedzinach.
W Londynie Newton mało zajmował się nauką, nie ograniczał się jednak wyłącznie do prac redakcyjnych, wrócił do badań historycznych prowadzonych jeszcze w latach osiemdziesiątych w Cambridge. Newton interesował się wtedy powstaniem i rozwojem religii w czasach starożytnych. W manuskrypcie zatytułowanym Theologiae gentilis origines philosophicae (Filozoficzne początki teologii pogan) przedstawił swoją wersję powstania politeizmu. Tezą pracy było, że wszystkie ludy starożytne czciły tę samą dwunastkę bogów. Byli to Noe, jego synowie i wnuki, którym różne ludy nadawały własne imiona chcąc w nich widzieć własnych legendarnych królów i bohaterów. Dzięki podobieństwom wszystkich panteonów można jednak rozpoznać owo wspólne pochodzenie. Noe był na przykład modelem dla Janusa i Saturna, którzy tak samo mieli trzech synów. Najważniejszy z bogów był modelowany na wzór Chama i nazywał się Zeus, Jowisz bądź Amon. Podobnie wszystkie ludy czciły lubieżną niewiastę pod imieniem Wenus, Afrodyty albo Astarte. Jej pierwowzorem była córka Chama.
W czasach Newtona wciąż jeszcze praktycznie jedynym źródłem wiedzy na temat prehistorii były mity. Od starożytności znana była teoria Euhemera głosząca, że wiara w bogów powstała przez otoczenie boskim kultem wielkich przodków, którzy wyróżnili się siłą bądź rozumem. Euhemeryzm stosowany był przez chrześcijańskich apologetów dla „naturalnego” wyjaśnienia bogów pogańskich. Newton postępował zgodnie z zasadami swego wieku, gdy mitycznym treściom nadawał zdroworozsądkową interpretację. W praktyce wszystko, co było w mitach poezją, metaforą, starano się wyjaśnić w jak najbardziej przyziemny sposób. Wyprawa po złote runo mogła być w istocie jedynie misją dyplomatyczną wysłaną w celu szukania sojuszników. Atlas był astronomem. Jowisz największym zdobywcą, który podbił cały świat itp. Zastanawiając się, dlaczego Mojżesz pochowany został w nieznanym miejscu, Newton doszedł do wniosku, że stało się tak, aby nie zaczęto czcić Mojżesza jako nowego bożka.
Symbole i hieroglify zarówno u Egipcjan, jak i u proroków, oznaczały królestwa, wojny, władców, pojęcia społeczne i polityczne. Odczytywanie takich symboli przypominało objaśnianie ikonografii współczesnych Newtonowi dzieł sztuki. Istniały kompendia takich symboli oraz ścisłe reguły posługiwania się nimi, sam Newton jako urzędnik mennicy zaprojektował kompozycję kilku medali okolicznościowych.
Pierwotna religia była monoteistyczna, był to wniosek nie tylko Newtona, ale i wielu jego współczesnych. Odstępstwo od niej było zdaniem jednych raczej wynikiem ludzkiej słabości i skłonności do błędu, zdaniem innych zaś było wynalazkiem tyranów, którzy dążyli do wzmocnienia swej władzy przez wzbudzenie strachu wśród poddanych. W niektórych rękopisach Newton śledził etapy popadania w bałwochwalstwo. Najpierw kultem otaczano miejsce, gdzie oddawało się cześć Bogu, potem – kamień znaczący owo miejsce, a w końcu kamieniowi temu nadawano kształty ludzkie bądź zwierzęce i przedmiotem kultu stawał się ów kamienny bałwan.
Ceną odstępstwa jest nie tylko błądzenie moralne i religijne, ale i poznawcze. Grecy początkowo przejęli od potomków Noego zasady wiary. Pierwsza z nich mówiła, że należy mieć tylko jednego najwyższego Boga. Druga, by nie kalać jego imienia, a następne, iż nie wolno przelewać krwi bliźniego, iż nie wolno cudzołożyć, kraść ani stosować gwałtu. Gdyby Grecy przestrzegali tych pierwotnych zasad, to posunęliby się dalej również w filozofii. Fałszywa wiara prowadziła do fałszywej astronomii geocentrycznej.
Idolatria – kult fałszywych bożków – była głównym grzechem ludzkości, ale jej konkretna forma historyczna mogła być rozmaita. Atanazy nie był pierwszym ani ostatnim bałwochwalcą w dziejach, gdy wprowadził kult „trzech równych bogów.”
W latach 1705-1710, po mniej więcej dwudziestoletniej przerwie Newton powrócił do prac teologicznych i historycznych. Tematyka Filozoficznych początków została podjęta w traktacie, który ostatecznie ukazał się po wielu perypetiach już po śmierci Newtona jako Chronology of Ancient Kingdoms Amended (Poprawiona chronologia starożytnych królestw). Historia sprowadzona została do najbardziej fundamentalnych i obliczalnych faktów: do tablic chronologicznych. W swej chronologii Newton skrócił grecką historię o około 400 lat. Grecy, jego zdaniem, przypisywali sobie zbyt długą historię i zbyt starą cywilizację. Dla Newtona jak dla wielu protestantów osią historii były dzieje Izraela przedstawione głównie w Biblii, i to Żydzi byli narodem, od którego inne narody zapożyczyły wierzenia religijne, mity, odkrycia i wynalazki.
Chronologia była w owym okresie czymś więcej niż nauką pomocniczą, pojawiły się bowiem zasadnicze trudności uzgodnienia chronologii biblijnej z zapisami historycznymi. Według Biblii od stworzenia świata do narodzenia Chrystusa minęło zaledwie 4 000 lat. Oczywiście eksperci dyskutowali nad szczegółami, np. według Septuaginty, greckiej wersji Biblii, można było otrzymać dodatkowe 1 500 lat, ale wszyscy zgadzali się, że świat istnieje nie krócej niż 3 740 i nie dłużej niż 6 984 lata, jak stwierdził ojciec Antonio Foresti (który wyliczył również 70 poglądów pośrednich).
W kwestii wieku świata Newton dysponował pewnym argumentem naukowym przedstawionym w Principiach. Otóż dyskutując fizyczne właściwości komet Newton obliczył, jak długo powinna stygnąć żelazna kula wielkości Ziemi, gdyby najpierw rozgrzać ją do czerwoności. Newton ustalił na podstawie argumentów teoretycznych, że czas stygnięcia kuli powinien być proporcjonalny do jej promienia, a nastepnie zmierzył doświadczalnie czas stygnięcia żelaznej kuli o średnicy jednego cala. Z danych tych wynikało, że glob wielkości Ziemi powinien stygnąć ponad 50 000 lat. Co prawda, Newton nie dyskutował żadnej konkretnej hipotezy powstania układu planetarnego, niemniej wynik taki wskazywał na skalę czasową dłuższą niż rozważana przez biblistów. Pod koniec XVIII w. Buffon przeprowadził podobne obliczenia i ocenił na ich podstawie wiek Ziemi na „w przybliżeniu” 74 047 lat.
W chronologii biblijnej nie mieściły się również dane historyczne dotyczące dwóch narodów: Egipcjan i Chińczyków. Egipcjanie mieli bardzo systematyczne kroniki władców i dynastii. Maneton, kapłan czy też ofiarnik miasta Heliopolis, sporządził historię Egiptu, w której wylicza władców sprzed i z czasu Potopu. Według innej kroniki królowie panowali 36 525 lat aż do obalenia ostatniego z nich na 19 lat przed panowaniem Aleksandra Wielkiego. Chińczycy operowali jeszcze większymi liczbami, idącymi w miliony lat.
John Marsham, jeden z angielskich poprzedników Newtona, wpadł w 1672 r. na pomysł, że dynastie egipskie panowały nie po kolei, lecz równolegle, co ratowałoby chronologię biblijną. Pomysły tego rodzaju krytykowane były przez ortodoksów za podważanie przekazu biblijnego z powodu pogańskich kronik. Obawiano się, że toruje to drogę libertynom.
Również Newton zajął się uzgadnianiem różnych przekazów historycznych. Celem jego pracy była obrona Izraela i jego cywilizacyjnej misji. Niezgodności między tekstami Starego Testamentu a pogańskimi źródłami domagały się oczywiście wyjaśnienia, ale wynik mógł być tylko jeden: poganie kłamali.
Podejście Newtona polegało na zgodności z „biegiem Natury, z Astronomią, z Historią Świętą, z Herodotem – Ojcem Historii oraz z samą sobą”. Zgodność z biegiem Natury oznaczała skrócenie średniego trwania panowania króla w stosunku do przyjętych danych. Newton obliczał średnią długość panowania na 18-20 lat (zamiast przyjmowanych w starożytności trzech królów na stulecie) i posługiwał się nią w dalszym ciągu (czasem naciągając wartości liczbowe, co w tym kontekście jest na pewno łatwiej wybaczalne niż w Principiach). Metoda astronomiczna polegała na zinterpretowaniu świadectw historycznych w ten sposób, że wynikało z nich, iż punkt równonocy wiosennej w czasach wyprawy Argonautów leżał w połowie Barana (centaur Chiron miał być w rzeczywistości astronomem wyprawy), co przy znanej szybkości precesji pozwalało natychmiast ustalić datę wyprawy, a na jej podstawie inne punkty odniesienia starożytnej chronologii.
W historycznych pracach Newtona przejawia się podobna jak w fizyce potrzeba oparcia wiedzy na niezachwianych podstawach, które byłyby obiektywne i niezależne od osobistych poglądów. Stąd przesadne zaufanie do dokumentów pisanych, szukanie dat i faktów, które mogłyby być pewnym fundamentem gmachu historii. Newton sądził, że datowanie astronomiczne będzie właśnie takim bezspornym punktem wyjścia. Historia była zagrożona pirronizmem, zwątpieniem w możliwość ustalenia faktów i praca Newtona zmierzała do usunięcia źródeł tego zwątpienia. Ale i Newton musiał zaufać pewnym dokumentom bardziej niż innym, przyjąć za prawdę pewne dyskusyjne interpretacje i w efekcie jego praca wcale nie okazała się pewniejsza niż inne. Historycy przyjęli ją chłodno. Słabością datowania wyprawy Argonautów było nie obliczenie szybkości precesji, lecz wątpliwa interpretacja dawnego tekstu.
Prace historyczne i teologiczne Newtona nigdy nie były cenione na równi z jego pracami z fizyki czy matematyki. Stało się tak nie tylko dlatego, że były mniej znane – nawet gdyby były ogłoszone, nie spowodowałyby w tych dziedzinach „rewolucji newtonowskiej”. Jeżeli jednak zestawi się poglądy Newtona w wielu dziedzinach, które uprawiał, widać jak bardzo jednolity jest jego obraz świata, jak poglądy te nawzajem uzupełniają się i wzmacniają. Centralne miejsce w tych poglądach zajmował zawsze Bóg. Te same zasady religii obowiązywały we wszystkich epokach historycznych i wśród wszystkich narodów. Ten sam Bóg, który rządzi przyrodą i wypełnia przestrzeń, jest jednocześnie Bogiem Starego Testamentu, władcą historii.
Wśród zasad wiary jedne były „mlekiem” dla dzieci, o którym pisał święty Paweł, inne dostępne były tylko dla uczonych. Podstawowe nakazy religii były właściwie tylko dwa i zawsze te same, te, które Chrystus głosił faryzeuszom: „Będziesz miłował Pana Boga Twojego z całego serca twego i z całej duszy twojej, i ze wszystkiej myśli twojej” oraz „Będziesz miłował bliźniego swego jak siebie samego”. Ich sens dla Newtona wyrażał się przede wszystkim w wyrzeczeniu się fałszywych bogów – wszelkiego rodzaju bałwochwalstwa, pożądliwości ciała i oka, nieczystości, chciwości.
Musimy wierzyć, iż jest tylko jeden Bóg, najwyższy władca, którego powinniśmy się bać i któremu powinniśmy być posłuszni, którego praw należy przestrzegać i któremu należy oddawać cześć i chwałę. [...] Musimy wierzyć, iż jest on Pantokratorem, Panem wszystkich rzeczy, którego moc i władztwo są nieprzeparte i nieograniczone, i że nie możemy mieć nadziei umknąć się jego mocy, gdy zbuntujemy się i postawimy sobie innych bogów albo przekroczymy prawa jego monarchii, i że możemy oczekiwać wielkiej nagrody, jeśli będziemy wypełniać jego wolę [73].
Nie wolno nam czcić wizerunków Boga ani innych bogów. Możemy dawać imię bogów aniołom czy królom, lecz nie wolno oddawać im czci boskiej. Arianizm Newtona przejawiał się w ustaleniu jednoznacznej hierarchii, w której Stwórca mógł być tylko jeden, nawet jeśli udzielał swej mocy innym. Równorzędność osób Trójcy wydawała mu się odmianą politeizmu.
Voltaire, którego informatorem na ten temat był Samuel Clarke, utrzymywał, że
Sir Izaak Newton był niezachwianie przekonany o istnieniu Boga; przez którego rozumiał nie tylko istotę nieskończoną, wszechmocną i stwarzającą, lecz również Pana, który ustanowił związek między sobą a swymi stworzeniami; cyt. w [39].
Newton w istocie podkreślał wielokrotnie, że Bóg wymaga od nas nie tyle czci z powodu swych atrybutów, ile z powodu swego władztwa:
najmędrszy z bytów żąda od nas czci nie tyle dla swej istoty, co dla swoich czynów, stwarzania, podtrzymywania i rządzenia wszystkimi rzeczami zgodnie ze swą dobrą wolą i upodobaniem. Mądrość, potęga i sprawiedliwość – zawsze okazywane przez Niego w Jego dziełach – stanowią Jego chwałę, której uznania żąda tak mocno i o którą tak jest zazdrosny [...], aż do najmniejszego tytułu; cyt. w [41].
Bóg jest dla Newtona przede wszystkim władcą i samo słowo „Bóg” ma znaczenie względne: określa nasz stosunek do Boga jako jego sług. Wola Boża kieruje zatem nie tylko funkcjonowaniem Układu Słonecznego, ale i historią ludzkości oraz dziejami każdego człowieka z osobna. Księga Natury i Pismo święte pozwalają nam odczytywać wolę Bożą.
Jedność Boga i Chrystusa nie jest jednością substancji, lecz jednością władzy. Syn otrzymał wszystko od Ojca, jest mu poddany, wypełnia jego wolę, siedzi na jego tronie i nazywa go swoim Bogiem. Bóg Ojciec oraz Chrystus są jednym Bogiem – jak jednym władcą jest król i jego wicekról. Duch święty jest zaś duchem proroctw. W modlitwach i obrzędach należy zwrócić uwagę, aby zawsze zwracać się do Boga za pośrednictwem Chrystusa, a nie odwrotnie – co jest bałwochwalstwem. Samuel Clarke pozostawił swoją wersję modlitewnika anglikańskiego (The Book of Common Prayer), w którym skreślił wszelkie fragmenty mogące nasuwać podejrzenie, że za Boga uznaje się kogoś więcej niż tylko Boga Ojca. Zapewne Newton zgodziłby się z większością tych poprawek.
Przyjście Chrystusa nie było wcale początkiem religii określonej dwoma przykazaniami. Jej zasady wyznawane były wcześniej wszędzie tam, gdzie bałwochwalstwo nie doszło do głosu. Zasad tych nauczali Noe, Abraham, Mojżesz, ale i poganie tacy, jak Sokrates, Cycero czy Konfucjusz. Ewangelie dodały właściwie tylko tyle, że Jezus był Chrystusem z proroctw. Nie znaczy to, że Chrystus był tylko prorokiem, był on Mesjaszem i Synem Bożym, ale podstawowe zasady religii były znane również przed nim. Co więcej, te zasady stanowią
prawa natury, zasadniczą część religii, która zawsze była i zawsze będzie wiążąca dla wszystkich narodów, będąc niezmiennej i wiecznej natury, ponieważ ugruntowana jest na niezmiennym rozumie; cyt. w [41].
Wypowiedzi tego rodzaju zbliżają Newtona werbalnie do deistów. Jego Bóg jest stały i regularny, i przypomina w działaniu prawo natury, jest to jednak jednocześnie Bóg-Pantokrator, którego najważniejszą cechą jest panowanie, narzucanie swej woli stworzeniu, stwarzanie przez akt woli. Jest to również Bóg, który objawił się w Piśmie świętym i który przysłał proroków, a także Jezusa Chrystusa.
Dramat męki na krzyżu, przesłanie Chrystusa, różnice między duchem Ewangelii i Starego Testamentu nie poruszały wyobraźni Newtona. Cierpienie Chrystusa było dla niego przede wszystkim aktem krańcowego posłuszeństwa aż po śmierć, podporządkowania się Bogu Ojcu, za które Chrystus mógł wejrzeć do Księgi Żywota i podniesiony został do godności Króla nad ludźmi.
Ważną częścią przekonań Newtona była potrzeba religijnej tolerancji. Każdy, kto wypełnia dwa podstawowe nakazy religii, może zostać ochrzczony i nie powinien być prześladowany czy wykluczany ze wspólnoty z powodu rozbieżności w innych, bardziej szczegółowych kwestiach. Narzucanie siłą religijnych przekonań prowadzi do hipokryzji, jak dowodził na przykładzie Teodozjusza, który narzucił swym poddanym trynitaryzm. Oczywiście wokół pełno było bliższych przykładów, Newton jednak nie zamierzał zmieniać porządku społecznego. Jeśli ktoś chciałby przestrzegać innych zasad, a nie może udowodnić, że były one praktykowane w czasach apostolskich, może ich przestrzegać na swój użytek, nie kłopocząc kościołów swoimi prywatnymi sentymentami.
Religijne poglądy Newtona były znane w niewielkim stopniu. On sam jako szanowany obywatel stykał się z najwyższymi dostojnikami Kościoła anglikańskiego, o którym miał zresztą dobre mniemanie, zasiadał w komitecie budowy 50 kościołów, był wśród nadzorujących dokończenie budowy katedry św. Pawła. Zewnętrznie był konformistą, choć sądził prywatnie, że w przyszłości doktryna Trójcy Świętej będzie odrzucona tak samo zdecydowanie jak dogmat o przeistoczeniu.
Chociaż sam Newton nie dawał powodów do oskarżeń o nieortodoksyjne poglądy i we wszystkich pismach przeznaczonych do publikacji dbał, aby usunąć fragmenty mogące wzbudzić podejrzenia, to jednak niektórzy z jego uczniów znani byłi jako arianie. Samuel Clarke, Hopton Haynes i William Whiston wyrażali swe poglądy w mniej lub bardziej jawnej formie. Whiston usunięty został za arianizm z katedry Lucasa, a Newton odsunął go od siebie. Inny bliski Newtonowi uczeń, Halley, uchodził z kolei za niedowiarka.
Nie rzucało to jednak cienia na wielkiego uczonego, osobistego przyjaciela księżnej Walii Karoliny, żony przyszłego króla Jerzego II. Karolina radziła się Newtona w kwestii wychowania dzieci i wydobyła od niego skrót Chronologii, gdy tylko dowiedziała się o istnieniu takiej pracy. Newton stał się znakomitością publiczną, odwiedzali go wybitni goście z całej Europy, nawet tacy, jak szambelan papieski monsignore Branchini.
W opisach współczesnych Newton był raczej niepozorny z wyglądu, średniego wzrostu, siwy. Nie używał okularów w starości – jego krótkowzroczność z czasem skorygowała się sama. Miał prawie wszystkie zęby i cieszył się bardzo długo dobrym zdrowiem, poważniej chorować zaczął dopiero po osiemdziesiątym roku życia. Nadal był raczej małomówny i dość rzadko pozwalał sobie na żarty, choć miewał ponoć chwile łagodnej wesołości.
Jako najwybitniejszy ze swej rozrodzonej rodziny pomagał swoim mniej zamożnym krewnym i wielu z nich zawdzięczało mu pożyczki, darowizny, prezenty z okazji ślubów, nabyte stanowiska. Był również znany ze swej działalności charytatywnej, zachowało się wiele listów świadczących o praktykowaniu przez niego chrześcijańskiego miłosierdzia. Wydaje się, że przynajmniej dla bliskich i dla przyjaciół Newton nie był tym bezwględnym gwałtownikiem, jakiego znali Flamsteed czy Leibniz.
Pozostawał do końca życia człowiekiem zajętym, który nie potrafiłby korzystać z wolnych nie zaplanowanych chwil. Choć pod koniec życia jego zajęcia nie miały gatunkowego ciężaru Principiów, aktywność ta musi imponować. Newton był człowiekiem, który właściwie nigdy nie zapisywał refleksji nad sobą i swojej osobie nadawał status przypominający eksperymentatora w swojej fizyce – który usuwa się całkowicie w cień i obserwuje zdarzenia, nie ingerując w ich przebieg. Tym bardziej zaskakuje przypisywana mu wypowiedź na temat własnej pracy:
Nie wiem, kim mogę się wydać dla świata, lecz sobie samemu wydaję się podobny do chłopca, który bawił się na brzegu morza i zajmował wyszukiwaniem od czasu do czasu gładszego kamyka czy muszli ładniejszej niż zazwyczaj, podczas gdy wielki ocean prawdy leżał nieodkryty przede mną; cyt. w [23, 73].
Ta słynna wypowiedź stała się jeszcze jednym elementem obrazu Newtona, którego prawdziwość trudno dziś ustalić. Zmniejsza w każdym razie ogromny dystans, jaki Izaak Newton potrafił wytworzyć pomiędzy sobą a innymi.
W marcu 1727 r. proboszcz kościoła St. Martins-in-the-Fields, parafii Newtona, zastał go nad manuskryptem Chronologii. Dwa lata wcześniej skrót Chronologii ukazał się bez pozwolenia autora w Paryżu wraz z refutacją wniosków Newtona. Aby odeprzeć ataki, Newton zaczął pracować nad przygotowaniem do druku pełnej wersji pracy. Ostatnia naukowa polemika nie doszła jednak do skutku. Choroba pęcherza moczowego, która od kilku lat dokuczała uczonemu, przeszła w fazę ostrą i po kilku tygodniach cierpień Izaak Newton zmarł 20 marca 1727 r.
Trumna ze zwłokami Newtona wystawiona została na widok publiczny w opactwie westminsterskim. Podczas pogrzebu trumnę niósł orszak złożony z lorda kanclerza, książąt Montrose i Roxburgh oraz earlów Pembroke, Sussex i Macclesfield, wszyscy byli członkami Towarzystwa Królewskiego. Jak zauważył obecny na pogrzebie Voltaire, Newton pochowany został jak król, który dobrze zasłużył się swoim poddanym. Jedynie najbliżsi wiedzieli, że ostatnim i bez wątpienia świadomym aktem nonkonformizmu Newtona była odmowa przyjęcia sakramentów z rąk anglikańskiego pastora.